#FHIR

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Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR, prononcé « fire », en anglais) est un projet de norme décrivant des formats et des éléments de données (appelés « ressources ») et une interface de programmation d'applications (API) pour l'échange d'informations médicales électroniques.

Site officiel

Vous envoyez une requête HTTP et recevez une erreur HTTP, mais accompagnée d'une page d'erreur HTML inattendue… Que se passe-t-il ? 🤔

Par exemple, vous avez peut-être essayé de lire une ressource FHIR (par exemple, /Patient/123) et vous obtenez une erreur 404, alors qu'avec d'autres identifiants de patient, vous recevez bien la ressource. La page existe donc bel et bien… Pourquoi obtenez-vous une erreur 404 ? 🙄

La réponse à ces questions est liée au comportement du serveur web IIS face aux erreurs.

IIS propose trois options d'affichage des erreurs :

  • Afficher uniquement les pages d'erreur personnalisées
  • Afficher les erreurs serveur détaillées
  • Pour les requêtes locales, afficher les erreurs détaillées ; pour les requêtes distantes, afficher les pages d'erreur personnalisées.

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Dans le paysage actuel des données de santé, FHIR est devenu la norme pour l'échange structuré de données cliniques. Cependant, si FHIR excelle en matière d'interopérabilité, son format JSON rend l'analyse difficile, y compris pour FHIR QuestionnaireResponse.

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Serveur FHIR

Le Serveur FHIR est une application logicielle qui met en œuvre la norme FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources), ce qui permet aux systèmes de soins de santé de Stocker, accéder, échanger, et gérer les données de soins de santé de manière standardisée.

InterSystems IRIS permet de stocker et de récupérer les ressources FHIR suivantes:

  • Référentiel de ressources – Le serveur natif IRIS FHIR permet de stocker facilement les paquets/ressources FHIR directement dans le référentiel FHIR.
  • Façade FHIR – La couche de façade FHIR est un modèle d'architecture logicielle à l'aide duquel une API compatible FHIR peut être exposée au-dessus d'une API existante (souvent non-FHIR). Cette couche permet également de rationaliser le système de données de soins de santé, y compris les dossiers médicaux électroniques (DME), les bases de données existantes ou le stockage de messages HL7 v2, sans nécessiter la migration de toutes les données vers un système natif FHIR.

Qu'est-ce que FHIR?

FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) est un framework standard créé par HL7 International afin de faciliter l'échange de données de soins de santé de manière flexible, conviviale pour les développeurs et moderne. Il exploite les technologies web contemporaines pour assurer une intégration et une communication transparentes entre plusieurs systèmes de soins de santé.

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Introduction

Dans mon article précédent, j'ai présenté le module IRIStool, qui intègre de manière transparente la bibliothèque pandas pour Python à la base de données IRIS. Je vais maintenant vous expliquer comment utiliser IRIStool pour exploiter InterSystems IRIS comme base pour une recherche sémantique intelligente dans les données de soins de santé au format FHIR.

Cet article décrit ce que j'ai fait pour créer une base de données pour mon autre projet, FHIR Data Explorer. Les deux projets sont candidats au concours InterSystems actuel, alors n'hésitez pas à voter pour eux si vous les trouvez utiles.

Ils sont disponibles sur Open Exchange:

Dans cet article, nous aborderons les sujets suivants:

  • Connexion à la base de données InterSystems IRIS via Python
  • Création d'un schéma de base de données compatible FHIR
  • Importation de données FHIR au moyen d'intégrations vectorielles pour la recherche sémantique

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Introduction

Dans mon dernier article, j'ai présenté FHIR Data Explorer, une application de validation de concept qui connecte InterSystems IRIS, Python, et Ollama afin de permettre la recherche sémantique et la visualisation des données de soins de santé au format FHIR. Ce projet participe actuellement au concours InterSystems External Language Contest.

Dans cette suite, nous verrons comment j'ai intégré Ollama pour générer les résumés des dossiers médicaux directement à partir des données FHIR structurées stockées dans IRIS, à l'aide de modèles linguistiques locaux légers (LLM) tels que Llama 3.2:1B ou Gemma 2:2B.

L'objectif était de créer un pipeline d'IA entièrement local capable d'extraire, de formater et de présenter les dossiers médicaux des patients tout en garantissant la confidentialité et le contrôle total des données.

Toutes les données des patients utilisées dans cette démonstration proviennent de paquets FHIR, qui ont été analysés et chargés dans IRIS via le module IRIStool. Cette approche facilite la requête, la conversion et la vectorisation des données de soins de santé à l'aide d'opérations pandas familières en Python. Si vous désirez en savoir plus sur la manière dont j'ai construit cette intégration, consultez mon article précédent Création d'un référentiel vectoriel FHIR avec InterSystems IRIS et Python via le module IRIStool.

Les deux outils, IRIStool et FHIR Data Explorer sont disponibles sur InterSystems Open Exchange — et font partie de mes contributions au concours. Si vous les trouvez utiles, n'hésitez pas à voter pour eux!

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Bonjour à tous,

Continuons à travailler sur la génération de données de test et l'exportation des résultats via une API REST. 😁

Ici, je souhaite réutiliser la classe `datagen.restservice` créée dans l'article précédent : « Écriture d'un service API REST pour exporter les données patient générées au format .csv ».

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Les fournisseurs de solutions numériques dans le domaine de la santé sont soumis à une pression croissante pour intégrer des systèmes complexes de données de santé tout en garantissant l'évolutivité, la sécurité et la conformité à des normes telles que HL7 FHIR. Les ressources FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) ont révolutionné l'échange de données de santé en proposant un cadre normalisé qui permet à divers systèmes informatiques de santé de communiquer sans difficulté. Mais il ne suffit pas de se conformer aux normes FHIR pour surmonter les complexités de l'intégration des données de santé. Les partenaires de solutions doivent tirer parti de composants architecturaux avancés tels que les courtiers, les façades et les référentiels FHIR pour créer des solutions évolutives et efficaces. InterSystems offre toutes les fonctionnalités essentielles dont vous avez besoin pour mettre en œuvre FHIR pour vos données de santé, que ce soit sur site, dans un cloud public ou sous forme de service cloud géré par InterSystems.

Medical Science Hospital Lab Meeting healthcare

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Lorsque nous créons un référentiel FHIR dans IRIS, nous avons un point de terminaison pour accéder à l'information, créer de nouvelles ressources, etc. Mais il y a certaines ressources dans FHIR que nous n'aurons probablement pas dans notre référentiel, par exemple, la ressource Binary (cette ressource renvoie des documents, comme des PDF par exemple).

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· Mai 21, 2025 2m de lecture
Retour sur le Meetup FHIR France #13

Bonjour la Communauté !

Je voulais vous partager mes impressions du Meetup FHIR France #13, organisé par Fyrstain et sponsorisé par InterSystems – et franchement, c’était une soirée inoubliable ! C’était une soirée riche en échanges, en apprentissages et en belles rencontres !

L’accueil a débuté à 19h et @Guillaume Rongier a aidé à enregistrer les participants

Après avoir laissé les participants arriver tranquillement, nous avons officiellement lancé la soirée. Fanch Rouault a souhaité la bienvenue au nom de Fyrstain

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Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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Après avoir déployé un nouveau conteneur basé sur containers.intersystems.com/intersystems/irishealth:2023.1 cette semaine, nous avons soudainement constaté que notre dépôt FHIR affichait une erreur 500. Ce problème est dû à des violations de PROTECT sur le nouvel espace de noms et la nouvelle base de données HSSYSLOCALTEMP utilisés par cette version des composants FHIR d'IRIS for Health. Pour résoudre ce problème, ajoutez « %DB_HSSYSLOCALTEMP » aux applications Web qui gèrent les requêtes FHIR.

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Article
· Avr 14, 2025 5m de lecture
Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.

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Lors de la création d'un bundle à partir de données héritées, je (et d'autres) souhaitais pouvoir contrôler si les ressources étaient générées avec une méthode de requête FHIR PUT plutôt qu'avec la méthode POST codée en dur. J'ai étendu les deux classes responsables de la transformation de SDA en FHIR dans une production d'interopérabilité afin de prendre en charge un paramètre permettant à l'utilisateur de contrôler la méthode de requête.

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Bonjour collègues !

Lors du développement d'une application front-end ou de toute autre communication avec l'API REST, il est souvent judicieux d'utiliser une Swagger UI, une interface de test pour l'API REST conforme à la spécification Open API 2.0. Elle est généralement très pratique, car elle permet d'effectuer des tests manuels rapides avec l'API REST, ses réponses et les données qu'elle contient.

J'ai récemment intégré la prise en charge de Swagger dans InterSystems IRIS FHIR template pour l'API FHIR R4 :

Comment le faire fonctionner.

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Introduction

Pour atteindre des performances optimisées en matière d'IA, une explicabilité robuste, une adaptabilité et une efficacité dans les solutions de santé, InterSystems IRIS sert de fondation centrale pour un projet au sein du cadre multi-agent x-rAI. Cet article offre une analyse approfondie de la manière dont InterSystems IRIS permet le développement d'une plateforme d'analyse de données de santé en temps réel, permettant des analyses avancées et des informations exploitables. La solution exploite les points forts d'InterSystems IRIS, notamment le SQL dynamique, les capacités natives de recherche vectorielle, la mise en cache distribuée (ECP) et l'interopérabilité FHIR. Cette approche innovante s'aligne directement sur les thèmes du concours « Utilisation du SQL dynamique et SQL intégré », « GenAI, recherche vectorielle » et « FHIR, DME », démontrant une application pratique d'InterSystems IRIS dans un contexte critique de santé.

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Il y a environ un mois, j'ai commencé à travailler sur l'utilisation du logiciel Epic on FHIR.

Création d'une paires de clés publiques-privées

mkdir /home/ec2-user/path_to_key
openssl genrsa -out ./path_to_key/privatekey.pem 2048

Pour les applications back-end, vous pouvez exporter la clé publique vers un certificat X.509 encodé en base64 intitulé publickey509.pem à l'aide de la commande ci-dessous...

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InterSystems IRIS for Health v2024.3 est déjà disponible en tant qu'aperçu pour les développeurs depuis un certain temps, et je voulais souligner la nouvelle prise en charge liée à la recherche FHIR qui a été introduite.

Il existe deux modificateurs dont la prise en charge a été ajoutée :

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Cela fait maintenant plus de 2 ans que j'utilise quotidiennement Embedded Python.
Il est peut-être temps de partager un retour d'expérience sur ce parcours.

Pourquoi écrire ce commentaire de retour d'expérience? Parce que, je suppose, je suis comme la plupart de mes collègues ici, un développeur ObjectScript, et je pense que la communauté bénéficierait de ce retour d'expérience et pourrait mieux comprendre les avantages et les inconvénients du choix de Embedded Python pour développer quelque chose dans IRIS. Et aussi éviter certains pièges.

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Parfois, nous devons convertir le message FHIR en HL7 V2, par exemple pour enregistrer un patient dans le système PACS.
Dans cet article, les étapes à suivre pour obtenir les résultats souhaités en utilisant la production du serveur IRIS FHIR seront expliquées.

Voici les étapes à suivre:

  1. Assurez-vous que la production du serveur FHIR est démarrée.
  2. Enregistrez le service métier avec le point de terminaison FHIRServer.
  3. Définissez les processus métier pour convertir les messages FHIR en SDA, puis convertissez SDA en HL7 v2.
  4. Publiez la ressource JSON sur le point de terminaison FHIRServer et obtenez la réponse HL7 V2.

Examinons les étapes en détail.
 

Étape 1. Assurez-vous que la production du serveur FHIR est démarrée

Ouvrez la page de production et assurez-vous que la Production est démarrée. À l'étape suivante, nous devons nous assurer que le service commercial HS.FHIRServer.Interop.Service est enregistré auprès de FHIRServer

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Cet article a pour objectif de fournir au lecteur les informations suivantes:

  • Configuration et utilisation du serveur FHIR
  • Création d'un serveur d'autorisation OAuth2
  • Liaison entre le serveur FHIR et le serveur d'autorisation OAuth2 pour la prise en charge de SMART sur FHIR
  • Utilisation des capacités d'interopérabilité dans "IRIS for Health" pour filtrer les ressources FHIR
  • Création d'une opération personnalisée sur le serveur FHIR

Schéma de l'article:

Schema

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Nous concluons cette série d'articles SMART On FHIR avec Auth0 et le référentiel FHIR d'InterSystems IRIS en passant en revue notre application développée en Angular 16.

Rappelons à quoi ressemble l'architecture définie pour notre solution:

Notre application qui servira de front-end correspond à la deuxième colonne et comme vous pouvez le voir, elle sera en charge de deux choses:

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Dans l'article précédent, nous avons présenté l'architecture de notre projet SMART On FHIR, il est donc temps de passer aux choses sérieuses et de commencer à configurer tous les éléments qui seront nécessaires.

Nous commençons avec Auth0.

Configuration de l'Auth0

Commençons par créer un compte Auth0 avec un email valide, une fois enregistré il nous faut créer notre première application, et nous le ferons à partir du menu de gauche:

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Introduction

J'ai récemment participé à une séance pratique formidablement organisée par @Patrick Jamieson au cours de laquelle une application Angular a été configurée avec un serveur IRIS FHIR en suivant les protocoles définis par SMART On FHIR. J'ai trouvé cela très intéressant et j'ai donc décidé de développer ma propre application Angular et de profiter ainsi de ce que j'ai appris en la publiant au sein de la communauté.

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La nouveauté de la version 2023.3 (d'InterSystems IRIS for Health) est une fonctionnalité permettant d'effectuer une validation basée sur le profil FHIR.

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Dans cet article, je vais fournir un aperçu de base de cette fonctionnalité.

Si FHIR est important pour vous, vous devriez absolument essayer cette nouvelle fonctionnalité, alors poursuivez votre lecture.

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Traitement des ressources FHIR avec FHIR SQL BUILDER pour prédire la probabilité de développer une hépatite C

Avec le développement de la technologie, l'industrie médicale progresse également constamment et les humains accordent souvent plus d'attention à leur propre santé.
En apprenant et en traitant des ensembles de données par ordinateur, les maladies peuvent être prédites.

Prérequis: Capacité à utiliser FHIR et ML

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Certainement, vous avez tous entendu que FHIR était la panacée et la solution à tous les problèmes d'interopérabilité et de compatibilité entre les systèmes. Ici, nous pouvons voir l'un de ses défenseurs classiques qui tient une ressource FHIR dans sa main et l'apprécie énormément :

Mais pour le reste de nous autres mortels, nous allons faire une petite introduction.

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