Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre. Pour répondre à ces scénarios d'activités commerciales qui nécessitent d'importantes extractions et charges de données, il est recommandé d'utiliser la fonctionnalité d'accès aux données en masse FHIR fournie par l'institution HL7.

InterSystems IRIS for Health met en œuvre l' ccès aux données de masse FHIR (FHIR Bulk Data Access) avec la fonctionnalité BFC - Bulk FHIR Coordinator (https://docs.intersystems.com/irisforhealthlatest/csp/docbook/DocBook.UI...). Selon la documentation d'InterSystems, le BFC « simplifie l'interaction des données de masse FHIR pour les clients et, pour ne pas surcharger un serveur FHIR avec des demandes de données de masse, le Bulk FHIR Coordinator (BFC) d'InterSystems sert d'intermédiaire dans l'interaction entre un client de données de masse et un point d'extrémité de serveur de ressources FHIR pour les demandes de données de masse. Le Bulk FHIR Coordinator peut faciliter l'exportation de données de masse FHIR pour les serveurs de ressources FHIR qui ne prennent pas en charge nativement l'interaction de données de masse". Le diagramme de la documentation illustre comment le coordinateur FHIR en bloc sert d'intermédiaire dans l'interaction entre un client et les endpoints FHIR:

Ainsi, si vous souhaitez migrer d'un serveur FHIR vers IRIS for Health, vous pouvez utiliser BFC pour vous connecter à un serveur FHIR cible afin d'obtenir toutes les données dont vous avez besoin sous forme de fichiers json (ressources ndjson), et les importer dans votre serveur FHIR InterSystems.

Dans cet article, vous découvrirez étape par étape les différentes manières de configurer et d'utiliser BFC pour obtenir toutes les données patient d'un référentiel FHIR dans des fichiers JSON en vue d'une utilisation ultérieure.

Étape 1 - Obtenir/configurer une instance IRIS for Health pour utiliser BFC

Si vous n'avez pas d'instance IRIS for Health, cliquez sur le lien suivant pour en obtenir une: https://openexchange.intersystems.com/package/iris-fhir-template. Suivez les procédures d'installation suivantes:

1.1 Installation de Docker:

Clone/git extrait le référentiel dans n'importe quel répertoire local

git clone https://github.com/intersystems-community/iris-fhir-template.git

Ouvrez le terminal dans ce répertoire et lancez:

docker-compose up -d

1.2 Ou installation de l'IPM (nécessite un IRIS for Health en cours d'exécution):

Ouvrez l'installation d'IRIS for Health avec le client IPM installé. Appel dans n'importe quel espace de nom:

USER>zpm "install fhir-server"

Ainsi, le serveur FHIR sera installé dans l'espace de noms FHIRSERVER.

Ou encore, pour une installation programmée, on peut appeler ce qui suit:

set sc=$zpm("install fhir-server")

Étape 2 - Création d'un nouveau justificatif d'identité

1. Access the Management Portal for the namespace FHIRSERVER (http://localhost:32783/csp/sys/%25CSP.Portal.Home.zen?$NAMESPACE=FHIRSERVER).

2. Accédez à l'Interopérabilité > Configuration > Informations d'identification:

3. Paramétrez les valeurs BulkCreds et enregistrez:

• Identifiant: BulkCreds
• Nom d'utilisateur: _SYSTEM
• Mot de passe: SYS

Étape 3 - Configuration du BFC (Bulk Data Coordinator)

1. Accédez à BFC UI (http://localhost:32783/csp/healthshare/fhirserver/bulkfhir/index.html):

2. Appuyez sur le bouton + Nouvelle configuration > Création d'une nouvelle:

3. Configuration des paramètres:

• Nom: BFC_Patients
• Endpoint BFC (tout chemin relatif): /bulkfhir/patients
• Gardez tous les autres paramètres tels quels

4. Appuyez sur le bouton Next.

5. Selectionnez HS.BulkFHIR.Auth.BasicAuth.Adapter et appuyez sur le bouton Next

6. Selectionnez HS.BulkFHIR.Fetch.PureFHIR.Adapter pour le champ Fetch Adapter et définissez les valeurs suivantes:

• URL de l'endpoint: http://fhir-template:52773/fhir/r4
• Configuration SSL: BFC_SSL
• Type d'autorisation: HTTP
• Identifiant HTTP: BulkCreds
• Acceptez les valeurs par défaut pour tous les autres champs

7. Appuyez sur le bouton Next.

8. Selectionnez la valeur de HS.BulkFHIR.Storage.File.Adapter pour le champ Storage Adapter et définissez les valeurs suivantes:

• Storage Adapter: HS.BulkFHIR.Storage.File.Adapter
• URL du fichier: /bulkfhir/file
• Répertoire: /usr/irissys/mgr/Temp/BulkFHIR/FHIRSERVER/

9. Appuyez sur le bouton Next.

10. Vérifiez la configuration et cliquez sur le bouton de configuration "Configure" en bas de la page:

11. Vous verrez le message de réussite: 

Étape 4 (étape finale) - Récupération de vos données de masse

1. Accéder à Exportations (Exports):

2. Appuyez sur le bouton + Nouvelle demande d'exportation:

3. Sélectionnez la valeur du champ de configuration BFC_Patients et appuyez sur le bouton Next

4. Sélectionnez l'option Patient et appuyez sur le bouton Export Now (Exportation immédiate):

5. Vous verrez le message de réussite:

6. Appuyez sur le bouton d'actualisation "Refresh" en haut de la page:

7. Consultez la session de configuration BFC_Patients terminée:

8. Appuyez sur le dernier bouton de téléchargement "Download" ():

9. Consultez la liste des fichiers json exportés:

10. Téléchargez n'importe quel fichier et consultez son contenu:

11. Pour lancer une exportation FHIR en masse à partir d'un client REST, envoyez une requête GET à votre endpoint BFC en indiquant l'opération souhaitée, par exemple:

•     Système — GET https://bfcEndpoint/$export
•     Patient — GET https://bfcEndpoint/Patient/$export
•     Groupe — GET https://bfcEndpoint/Group/groupID/$export

12. Plus de détails sur l'utilisation via l'API: https://docs.intersystems.com/healthconnectlatest/csp/docbook/DocBook.UI...

13. Plus de détails sur l'utilisation de BFC:

• https://docs.intersystems.com/healthconnectlatest/csp/docbook/DocBook.UI...
• https://www.youtube.com/watch?v=J-AVP9MFMWI

Profitez-en!!