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· 20 hr il y a 2m de lecture
Retour sur le Meetup FHIR France #13

Bonjour la Communauté !

Je voulais vous partager mes impressions du Meetup FHIR France #13, organisé par Fyrstain et sponsorisé par InterSystems – et franchement, c’était une soirée inoubliable ! C’était une soirée riche en échanges, en apprentissages et en belles rencontres !

L’accueil a débuté à 19h et @Guillaume Rongier a aidé à enregistrer les participants

Après avoir laissé les participants arriver tranquillement, nous avons officiellement lancé la soirée. Fanch Rouault a souhaité la bienvenue au nom de Fyrstain

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Bonjour à la communauté,

Vous cherchez un moyen d'intégrer InterSystems IRIS® for Health à votre équipe ? Exploitez tout le potentiel de cette plateforme grâce à ces ressources de formation InterSystems. Grâce à une combinaison de formations en ligne et en présentiel, vous pouvez accompagner différents rôles au sein de votre organisation et préparer votre équipe à la réussite.

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Bonjour à la communauté,

Exploitez tout le potentiel d'InterSystems IRIS et accompagnez votre équipe dans son intégration grâce à la gamme complète de ressources de formation InterSystems, disponibles en ligne et en présentiel, adaptées à chaque rôle de votre organisation. Les développeurs, administrateurs système, analystes de données et intégrateurs peuvent rapidement se familiariser avec la solution.

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Introduction

MonLBL est un outil permettant d'analyser des performances d'exécution de code ObjectScript ligne par ligne. codemonitor.MonLBL est un wrapper reposant sur le package %Monitor.System.LineByLine d'InterSystems IRIS pour collecter des métriques précises sur l'exécution de routines, classes ou CSP.

Le wrapper et tous les exemples présentés dans cet article sont disponibles dans le repository GitHub suivant : iris-monlbl-example

Fonctionnalités

L'utilitaire permet de collecter plusieurs types de métriques :

  • RtnLine : Nombre d'exécutions de la ligne
  • GloRef : Nombre de références globales générées par la ligne
  • Time : Temps d'exécution de la ligne
  • TotalTime : Temps total d'exécution incluant les sous-routines appelées

Le tout exporté dans des fichiers CSV.

En plus des métriques par ligne, dc.codemonitor.MonLBL collecte des statistiques globales :

  • Temps d'exécution total
  • Nombre total de lignes exécutées
  • Nombre total de références globales
  • Temps CPU système et utilisateur :
    • Le temps CPU utilisateur correspond au temps passé par le processeur à exécuter le code de l'application
    • Le temps CPU système correspond au temps passé par le processeur à exécuter des opérations du système d'exploitation (appels système, gestion mémoire, I/O)
  • Temps de lecture disque
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L'indication de requête parallèle augmente les performances de certaines requêtes sur les systèmes multiprocesseurs par le biais du traitement parallèle. L'optimiseur SQL détermine les cas où cela est bénéfique. Sur les systèmes à un seul processeur, cette indication n'a aucun effet.

Le traitement parallèle peut être géré par:

  1. Définition de l'option auto parallel pour l'ensemble du système.
  2. L'utilisation du mot-clé %PARALLEL dans la clause FROM de certaines requêtes.

Le mot clé %PARALLEL est ignoré lorsqu'il est appliqué aux requêtes suivantes:

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La plateforme de données InterSystems IRIS est à la base de toutes les applications InterSystems, ainsi que de milliers d'applications utilisées par nos clients et partenaires dans des domaines tels que la Santé, les Services financiers, la Chaîne logistique et d'autres écosystèmes. Il s'agit d'une plateforme convergente qui fournit une gestion des données transactionnelles et analytiques, une interopérabilité intégrée, une intégration des données, ainsi que des analyses intégrées et une IA. Elle prend en charge l'approche InterSystems Smart Data Fabric pour la gestion de données diverses et distribuées.

 

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Qui n'a jamais développé un bel exemple avec une image IRIS Docker et vu la génération de l'image échouer dans le Dockerfile parce que la licence sous laquelle l'image a été créée ne comportait pas certains privilèges ?

Dans mon cas, je déployais dans Docker une petite application utilisant le type de données Vector. Avec la version Community, ce n'est pas un problème, car elle inclut déjà la recherche et le stockage vectoriels. Cependant, lorsque j'ai remplacé l'image IRIS par une image IRIS classique (latest-cd), j'ai constaté que la compilation de l'image, y compris des classes générées, renvoyait l'erreur suivante :

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Après tant d'années d'attente, nous avons enfin un pilote officiel disponible sur Pypi

De plus, j'ai découvert que le pilote JDBC était enfin disponible sur Maven depuis déjà 3 mois,  et le pilote .Net driver - surNuget depuis plus d'un mois.

 La mise en œuvre de la DB-API et que les fonctions devraient au moins être définies par cette norme. La seule différence devrait se situer au niveau de SQL.

Et ce qui est intéressant dans l'utilisation de bibliothèques existantes, c'est qu'elles ont déjà mis en œuvre d'autres bases de données en utilisant le standard DB-API, et que ces bibliothèques s'attendent déjà à ce que le pilote fonctionne.

J'ai décidé de tester le pilote officiel d'InterSystems en mettant en œuvre son support dans la bibliothèque SQLAlchemy-iris.

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Rubrique FAQ InterSystems

Les variables globales temporaires stockées dans les bases de données IRISTEMP/CACHETEMP sont utilisées lorsqu'un processus n'a pas besoin de stocker des données indéfiniment, mais requiert les performances élevées des variables globales. Les bases de données IRISTEMP/CACHETEMP ne sont pas journalisées ; leur utilisation ne crée donc pas de fichiers journaux.

Le système utilise les bases de données IRISTEMP/CACHETEMP pour le stockage temporaire et les utilisateurs peuvent y accéder à cette fin.

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IRIS propose une fonctionnalité dédiée à la gestion des documents JSON, appelée DocDB.

Plateforme de données DocDB d'InterSystems IRIS® est une fonctionnalité permettant de stocker et de récupérer des données de base de données. Elle est compatible avec le stockage et la récupération de données de tables et de champs SQL traditionnels (classe et propriété), mais en est distincte. Elle est basée sur JSON (JavaScript Object Notation) qui prend en charge l'échange de données sur le Web. InterSystems IRIS prend en charge le développement de bases de données et d'applications DocDB en REST et en ObjectScript, ainsi que le support SQL pour la création ou l'interrogation de données DocDB.

De par sa nature, la base de données documentaire InterSystems IRIS est une structure de données sans schéma. Cela signifie que chaque document a sa propre structure, qui peut différer de celle des autres documents de la même base de données. Cela présente plusieurs avantages par rapport au SQL, qui nécessite une structure de données prédéfinie.

Le mot « document » est utilisé ici comme un terme technique spécifique à l'industrie, en tant que structure de stockage de données dynamique. Le « document », tel qu'utilisé dans DocDB, ne doit pas être confondu avec un document textuel ou avec la documentation.

Voyons comment DocDB peut permettre de stocker JSON dans la base de données et de l'intégrer dans des projets qui reposent uniquement sur des protocoles xDBC.

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Qu'est-ce que JWT ??

JWT (JSON Web Token) est un standard ouvert (RFC 7519) qui offre une méthode légère, compacte et autonome pour transmettre en toute sécurité des renseignements entre deux parties. Il est couramment utilisé dans les applications web pour l'authentification, l'autorisation et l'échange d'informations.

Un JWT est généralement composé de trois parties:

1. En-tête JOSE (JSON Object Signing and Encryption)
2. Payload
3. Signature

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· Avr 14 5m de lecture
Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.

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Le mappeur d'enregistrements complexes peut vous aider à transformer des données de fichiers texte composées de différents types d'enregistrements en messages persistants dans IRIS. Pour comprendre les bases du mappeur d'enregistrements complexes et découvrir un exemple de mise en œuvre en production, visionnez la vidéo des services d'apprentissage.

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Comme vous le savez peut-être, le serveur web privé fourni avec chaque installation IRIS a été supprimé, rendant nécessaire l'utilisation d'un serveur web externe.

Pour les déploiements Docker, il est courant d'utiliser l'image de passerelle web (disponible ici) avec l'image IRIS pour accéder facilement au Portail de Gestion. Cette image peut être configurée pour un accès via HTTPS sans problème en configurant les certificats.

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Lors de la création d'un bundle à partir de données héritées, je (et d'autres) souhaitais pouvoir contrôler si les ressources étaient générées avec une méthode de requête FHIR PUT plutôt qu'avec la méthode POST codée en dur. J'ai étendu les deux classes responsables de la transformation de SDA en FHIR dans une production d'interopérabilité afin de prendre en charge un paramètre permettant à l'utilisateur de contrôler la méthode de requête.

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L'API REST avec Swagger dans InterSystems IRIS

Salut

Le protocole HTTP permet de récupérer des ressources, telles que des documents HTML. Il est à la base de tout échange de données sur le Web et constitue un protocole client-serveur, ce qui signifie que les requêtes sont initiées par le destinataire, généralement un navigateur Web.

Les API REST tirent parti de ce protocole pour échanger des messages entre le client et le serveur. Cela rend les API REST rapides, légères et flexibles. Les API REST utilisent les verbes HTTP GET, POST, PUT, DELETE et d'autres pour indiquer les actions qu'elles veulent effectuer.

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Introduction

Une API REST (Representational State Transfer) est une interface qui permet de faire communiquer différentes applications entre elles via le protocole HTTP, en utilisant des opérations standard telles que GET, POST, PUT, et DELETE. Les API REST sont largement utilisées dans le développement de logiciels pour exposer des services accessibles par d'autres applications, permettant ainsi l'intégration entre différents systèmes.

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Je vais vous montrer comment vous pouvez installer très rapidement sur votre ordinateur un cluster de nœuds InterSystems IRIS en sharding. Dans cet article, mon objectif n'est pas de parler du sharding en détail, ni de définir une architecture de déploiement pour un cas réel, mais de vous montrer comment vous pouvez rapidement installer sur votre machine un cluster d'instances d'IRIS en sharding avec lequel vous pouvez jouer et faire des tests. Si vous souhaitez en savoir plus sur le sharding dans IRIS, vous pouvez consulter la documentation en cliquant ici: clicking here.  

Disons dès le départ que la technologie de sharding d'IRIS va nous permettre de faire deux choses:

  • Définir, charger et consulter des tables fragmentées ou des shards, dont les données seront réparties de manière transparente entre les nœuds du cluster
  • Définir  des tables fédérées, qui offrent une vue globale et composite des données appartenant à des tables différentes et qui, physiquement, sont stockées sur différents nœuds distribués

Donc, comme je l'ai dit, nous laissons le sujet du jeu avec des shards ou des tableaux fédérés pour d'autres articles, et nous nous concentrons maintenant sur l'étape précédente, c'est-à-dire sur la mise en place du cluster de nœuds en sharding.

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Introduction

Depuis qu'InterSystems a récemment annoncé l'arrêt du support d'InterSystems Studio à partir de la version 2023.2 au profit du développement exclusif d'extensions pour l'IDE Visual Studio Code (VSC), estimant que ce dernier offre une expérience supérieure par rapport à Studio, beaucoup d'entre nous, développeurs, avons changé ou commencé à utiliser VSC. Beaucoup se sont peut-être demandé comment ouvrir le Terminal pour effectuer des opérations, car VSC n'a pas de panneau de sortie comme Studio, ni de fonctionnalité intégrée pour ouvrir le terminal IRIS, sauf en téléchargeant les plugins développés par InterSystems.

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Contrairement au film mentionné dans l'image (pour ceux qui ne connaissent pas, Matrix, 1999), le choix entre Dynamic SQL et Embedded SQL n'est pas un choix entre réalité et fantaisie, mais une décision à prendre. Ci-dessous, je vais essayer de vous faciliter la tâche.

Si votre besoin concerne les interactions entre le client et l'application (et par conséquent la base de données), le Dynamic SQL peut être plus approprié, car il s'adapte très facilement à ces changements de requête. Cependant, ce dynamisme a un coût : à chaque nouvelle requête, elle est remodelée, ce qui peut entraîner un coût d'exécution plus élevé. Voici un exemple simple d'extrait de code Python.

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Présentation

Grâce à SQL, vous pouvez créer, entraîner et gérer des modèles de machine learning directement dans la base de données grâce à l'outil robuste IntegratedML d'InterSystems IRIS. À l'aide d'exemples SQL représentant vos données, nous aborderons dans cet article la configuration d'IntegratedML et son utilisation pratique.

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Bonjour collègues !

Lors du développement d'une application front-end ou de toute autre communication avec l'API REST, il est souvent judicieux d'utiliser une Swagger UI, une interface de test pour l'API REST conforme à la spécification Open API 2.0. Elle est généralement très pratique, car elle permet d'effectuer des tests manuels rapides avec l'API REST, ses réponses et les données qu'elle contient.

J'ai récemment intégré la prise en charge de Swagger dans InterSystems IRIS FHIR template pour l'API FHIR R4 :

Comment le faire fonctionner.

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Je me suis lancé un défi : trouver un moyen de faire en sorte qu'une variable se surveille elle-même pour une certaine valeur et fasse quelque chose lorsqu'elle atteint cette valeur sans avoir à la vérifier à chaque fois que quelque chose la touche. En gros, un moyen de dire "à un moment donné pendant l'exécution de ce code, si x = 0 (ou quelle que soit la condition) faire ceci". La classe avec laquelle j'ai fini par surveiller un %Status :

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La surveillance de votre déploiement IRIS est cruciale. Avec l'obsolescence de System Alert and Monitoring (SAM), une solution moderne et scalable est nécessaire pour obtenir des informations en temps réel, détecter précocement les problèmes et améliorer l'efficacité opérationnelle. Ce guide explique comment configurer Prometheus et Grafana dans Kubernetes pour surveiller efficacement InterSystems IRIS.

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Introduction

Pour atteindre des performances optimisées en matière d'IA, une explicabilité robuste, une adaptabilité et une efficacité dans les solutions de santé, InterSystems IRIS sert de fondation centrale pour un projet au sein du cadre multi-agent x-rAI. Cet article offre une analyse approfondie de la manière dont InterSystems IRIS permet le développement d'une plateforme d'analyse de données de santé en temps réel, permettant des analyses avancées et des informations exploitables. La solution exploite les points forts d'InterSystems IRIS, notamment le SQL dynamique, les capacités natives de recherche vectorielle, la mise en cache distribuée (ECP) et l'interopérabilité FHIR. Cette approche innovante s'aligne directement sur les thèmes du concours « Utilisation du SQL dynamique et SQL intégré », « GenAI, recherche vectorielle » et « FHIR, DME », démontrant une application pratique d'InterSystems IRIS dans un contexte critique de santé.

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