Guide de configuration de l'environnement FHIR

Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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Pour macOS

https://www.youtube.com/embed/Ss7vU0l3JNU
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Vous trouverez un sondage à la fin de l'article, merci de partager vos progrès. Vos commentaires sont très appréciés.

Alors, c'est parti!

1. Installation de Visual Studio Code (VS Code)

VS Code sera l'éditeur principal pour le développement.

Windows et amp; macOS

1. Accédez à la page de téléchargement de VS Code: https://code.visualstudio.com/
2. Téléchargez le programme d'installation pour votre système d'exploitation:
   • Windows: .exe file
   • macOS: .dmg file
3. Exécutez le programme d'installation et suivez les instructions.
4. (Windows uniquement) : pendant l'installation, cochez la case Add to PATH" (Ajouter au PATH).
5. Vérifiez l'installation:

• ouvrez un terminal (Command Prompt, , PowerShell ou Terminal macOS)
• Exécutez:

code --version

• Vous devriez voir le numéro de version.

2. Installation de Git

Git est nécessaire pour le contrôle de version, le clonage et la gestion des référentiels de code.

Windows

1. Téléchargez la dernière version à partir de: https://git-scm.com/downloads
2. Exécutez le programme d'installation:
   • Choisissez "Use Git from the Windows Command Prompt" (Utiliser Git à partir de l'invite de commande Windows).
   • Conservez les paramètres par défaut et terminez l'installation.
3. Vérifiez l'installation:

git --version

macOS

1. Ouvrez le terminal et exécutez:

git --version

Si Git n'est pas installé, macOS vous demandera d'installer les outils de ligne de commande Suivez les instructions.

3. Installation de Docker

Docker est indispensable pour exécuter InterSystems IRIS for Health Community.

Windows

1.    Téléchargez Docker Desktop à partir de: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Exécutez le programme d'installation et suivez les instructions.
3.    Redémarrez votre ordinateur après l'installation.
4.    Activez WSL 2 Backend (si cela vous est demandé).
5.    Verifiez l'installation

À remarquer: L'installation de Docker nécessite des privilèges d'administrateur sur votre machine et au moins un redémarrage.

macOS

1.    Téléchargez Docker Desktop pour Mac à partir de: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Installez-le en glissant Docker.app dans le dossier Applications.
3.    Ouvrez Docker à partir du menu Applications.

Pour vous assurer que le moteur Docker Desktop fonctionne sous Windows ou macOS, procédez comme suit:

Démarrez Docker Desktop

Windows: Ouvrez Docker Desktop à partir du menu Start. L'icône Docker en forme de baleine devrait apparaître dans votre barre d'état système.

Mac: Lancez Docker Desktop à partir du dossier Applications. Une fois l'application lancée, l'icône Docker en forme de baleine apparaîtra dans la barre de menu.

Attendez l'initialisation

Une fois que vous avez lancé Docker Desktop, le moteur peut prendre un certain temps à démarrer. Recherchez un message d'état indiquant que Docker est "running" (en cours d'exécution) ou "started" (démarré).

Vérifiez via le terminal/Command Prompt:

Ouvrez le terminal (ou Command Prompt/PowerShell pour Windows) et exécutez:

docker --version

ou

docker info

Dépannage

Si le moteur ne fonctionne pas, essayez de redémarrer Docker Desktop ou vérifiez s'il y a des messages d'erreur dans l'interface utilisateur de Docker Desktop. Assurez-vous également que votre système répond aux exigences de Docker Desktop. Vous pouvez voir des messages d'erreur confus faisant référence à des pipes si vous essayez de créer une image Docker sans que Docker Desktop soit en cours d'exécution.

4. Création de l'image IRIS for Health et son exécution à l'aide de Docker

Avant de pouvoir démarrer un conteneur Docker exécutant IRIS for Health Community (qui comprend notre serveur FHIR), nous devons le créer.

1. Clonez le référentiel FHIR dans un répertoire approprié de votre système de fichiers. Ouvrez un terminal dans VS Code et clonez ce référentiel à l'aide de la commande suivante:
   

   git clone https://github.com/pjamiesointersystems/Dockerfhir.git

    

2. Accédez à ce répertoire et ouvrez le dossier dans VS Code. Suivez les instructions du fichier readme pour créer et exécuter le conteneur. Une étape essentielle consiste à vous assurer que le référentiel de base est disponible dans votre magasin Docker. Vous pouvez le faire à l'aide de la commande dans le terminal VS Code:
   

   docker pull containers.intersystems.com/intersystems/irishealth-community:latest-em

   Vous devriez recevoir une confirmation après quelques minutes.

3. Accédez au répertoire dans VS Code où se trouve le fichier docker-compose.yaml, puis exécutez la commande suivante:
   

   docker-compose build 

   Cela lancera le processus de compilation, qui peut prendre jusqu'à 10 minutes, au cours desquelles un référentiel FHIR complet sera créé et chargé avec un échantillon de patients. 

4. Une fois le processus de compilation terminé, lancez le conteneur à l'aide de la commande suivante:
   

   docker-compose up -d

   suivi par

   docker ps

   Vous devriez voir un conteneur nommé **iris-fhir** en cours d'exécution. Si le conteneur ne démarre pas, vérifiez les journaux:

   docker logs iris-fhir

    

5. Installation de l'extension VS Code REST Client

Cette extension vous permet d'envoyer des requêtes API FHIR depuis VS Code.

1. Ouvrez VS Code.
2. Accédez aux extensions (Ctrl + Shift + X or Cmd + Shift + X on macOS).
3. Recherchez "REST Client". Il existe plusieurs clients REST, veuillez installer celui-ci:
4. Clickez le bouton "Install".

6. Installation de Python

Python est indispensable pour les tâches de programmation liées à FHIR.

Windows

1.    Télécharger Python à partir de: https://www.python.org/downloads/
2.    Exécutez le programme d'installation et cochez la case "Add to PATH" (Ajouter au chemin). Vous aurez besoin d'informations d'identification administratives pour apporter des modifications au chemin d'accès
3.    Terminez l'installation.
4.    Verifiez l'installation:

python --version

macOS

1. Ouvrez le Terminal et installez Python via Homebrew:
   

   Brew install python

   Si vous n'avez pas d'Homebrew, installez-le d'abord:

   /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

    

2. Verifiez l'installation:

python3 --version

7. Installation des blocs-notes Jupyter

Les notebooks Jupyter sont utilisés pour l'IA et le FHIR, ainsi que pour les tâches  FHIR SQL.

Windows & macOS

1. Ouvrez le terminal (Command Prompt, PowerShell, ou macOS Terminal).
2. Installez Jupyter à l'aide de pip:
   

   pip install jupyter
   jupyter --version

    

3. Exécutez le bloc-note Jupyter:

jupyter notebook

Jupyter s'ouvrira alors dans votre navigateur web.

8.  Validation

Exécutez votre conteneur en accédant à votre fichier Docker Compose dans le shell. Exécutez la commande 

docker compose up -d
docker ps

Accédez au Portail de gestion d'IRIS:

• Ouvrez votre navigateur et accédez à: http://localhost:8080/csp/sys/UtilHome.csp
• Informations d'identification par défaut:

Nom d'utilisateur: _SYSTEM
Mot de passe: ISCDEMO

Accédez à l'API FHIR

• Ouvrez votre navigateur et accédez à: http://localhost:8080/csp/healthshare/demo/fhir/r4/metadata

Dernières vérifications

Exécutez les commandes suivantes pour vérifier toutes les installations:

code --version       # VS Code
git --version        # Git
docker --version     # Docker
python --version     # Python
jupyter --version    # Jupyter

Si tout fonctionne, vous avez installé correctement tous les logiciels ci-dessus.

Dépannage

Merci de votre aide. J'attends vos commentaires avec impatience!