Prédiction de l’hépatite C avec FHIR SQL Builder

Traitement des ressources FHIR avec FHIR SQL BUILDER pour prédire la probabilité de développer une hépatite C

Avec le développement de la technologie, l'industrie médicale progresse également constamment et les humains accordent souvent plus d'attention à leur propre santé.
En apprenant et en traitant des ensembles de données par ordinateur, les maladies peuvent être prédites.

Prérequis: Capacité à utiliser FHIR et ML

Premièrement, notre ensemble de données est obtenu à partir de Kaggle et transformé en ressources FHIR en fonction du sexe, de l'âge, de l'ALP ou de l'ALT du patient, et importé dans le référentiel de ressources FHIR.

Pour importer le référentiel de ressources FHIR, nous pouvons utiliser cette commande :

Set sc=##class(HS.FHIRServer.Tools.DataLoader).SubmitResourceFiles("/usr/local/src/json/","FHIRSERVER","/csp/healthshare/fhirserver/fhir/r4")

Parmi eux, l'adresse du fichier et l'URL du référentiel de ressources FHIR peuvent être modifiées en fonction de la situation.

Une fois l'importation terminée, l'étape suivante consiste à configurer FHIR SQL Builder, y compris l'analyse FHIR, les règles de conversion et les projections.

Configurez les règles de conversion, qui sont très importantes. Elles permettent d'obtenir les données souhaitées et certaines informations sensibles des patients peuvent également être omises, garantissant ainsi la sécurité des données.

Une fois la configuration terminée, créez une projection pour interroger la table correspondante dans la base de données

Une fois la projection créée, résumez les tables dans la structure requise pour la formation en créant des tables ou des vues

create view T2.HepatitisData AS
SELECT
    TP.ID, TP.BirthDate, DATEDIFF(yy,TP.BirthDate,Now()) AGE, TP.Gender, TP.Key,
    GH.CodeText GHCodeText, GH.ValueBoolean GHGHValueBoolean,
    ALB.ValueQuantityValue ALBValueQuantityValue,
    ALP.ValueQuantityValue ALPValueQuantityValue, 
    ALT.ValueQuantityValue ALTValueQuantityValue,
    AST.ValueQuantityValue ASTValueQuantityValue,
    BIL.ValueQuantityValue BILValueQuantityValue, 
    CHE.ValueQuantityValue CHEValueQuantityValue,
    CHOL.ValueQuantityValue CHOLValueQuantityValue,
    CREA.ValueQuantityValue CREAValueQuantityValue,
    GGT.ValueQuantityValue GGTValueQuantityValue,
    PROT.ValueQuantityValue
FROM
    T2.Patient TP
    INNER JOIN T2.Observation GH ON TP.Key = GH.SubjectReference AND GH.CodeCodingCode = '8310-5'
    INNER JOIN T2.Observation ALB ON TP.Key = ALB.SubjectReference AND ALB.CodeCodingCode = '1751-7'
    INNER JOIN T2.Observation ALP ON TP.Key = ALP.SubjectReference AND ALP.CodeCodingCode = '6768-6'
    INNER JOIN T2.Observation ALT ON TP.Key = ALT.SubjectReference AND ALT.CodeCodingCode = '29463-7'
    INNER JOIN T2.Observation AST ON TP.Key = AST.SubjectReference AND AST.CodeCodingCode = '2345-7'
    INNER JOIN T2.Observation BIL ON TP.Key = BIL.SubjectReference AND BIL.CodeCodingCode = '1975-2'
    INNER JOIN T2.Observation CHE ON TP.Key = CHE.SubjectReference AND CHE.CodeCodingCode = '1920-8'
    INNER JOIN T2.Observation CHOL ON TP.Key = CHOL.SubjectReference AND CHOL.CodeCodingCode = '2093-3'
    INNER JOIN T2.Observation CREA ON TP.Key = CREA.SubjectReference AND CREA.CodeCodingCode = '2160-0'
    INNER JOIN T2.Observation GGT ON TP.Key = GGT.SubjectReference AND GGT.CodeCodingCode = '2324-2'
    INNER JOIN T2.Observation PROT ON TP.Key = PROT.SubjectReference AND PROT.CodeCodingCode = '2885-2'

Créer un modèle 

CREATE MODEL Hepatitis PREDICTING (GHCodeText) WITH ( AGE int, Gender string, GHGHValueBoolean boolean, ALBValueQuantityValue double, ALPValueQuantityValue double, ALTValueQuantityValue double, ASTValueQuantityValue double, BILValueQuantityValue double, CHEValueQuantityValue double, CHOLValueQuantityValue double, CREAValueQuantityValue double, GGTValueQuantityValue double, ValueQuantityValue double) FROM T2.HepatitisData 

Entrainer un modèle

TRAIN model Hepatitis

Une fois l'entrainement terminé, nous pouvons utiliser ce modèle pour la prédiction de l'hépatite C, qui est l'interface de l'application.

Une fois la configuration terminée, l'initialisation sera effectuée et l'ensemble de données dans HepatitsCdata.csv sera traité dans les ressources FHIR et importé.
Show permet d'afficher la plage normale des résultats de la vérification des entrées
Après avoir terminé toutes les saisies, cliquez sur le bouton de prédiction pour convertir les informations renseignées en ressources FHIR et les stocker dans le référentiel de ressources FHIR via l'API. Cela permet de prédire les résultats des maladies liées à l'hépatite C