Article
· Sept 22, 2023 8m de lecture
Stratégie Python pour Iris FHIR

Description

Avec le Serveur InterSystems IRIS FHIR, vous pouvez construire une stratégie pour personnaliser le comportement du serveur (pour plus de détails, consultez documentation).

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Ce référentiel contient une stratégie Python qui peut être utilisée comme point de départ pour construire votre propre stratégie en Python.

Cette stratégie de démonstration présente les caractéristiques suivantes :

  • Mettre à jour la déclaration de capacité pour supprimer la ressource Account (compte).
  • Simuler un système de gestion de consentement pour accorder ou non l'accès à la ressource Observation.
    • Si l'utilisateur a des droits suffisants, la ressource Observation est renvoyée.
    • Sinon, la ressource Observation n'est pas renvoyée.
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Lorsque nous démarrons le développement avec IRIS, nous disposons d'un kit de distribution ou, dans le cas de Docker, nous extrayons l'image Docker, puis nous devons souvent l'initialiser et configurer l'environnement de développement. Nous devrons peut-être créer des bases de données, des espaces de noms, activer/désactiver certains services, créer des ressources. Nous devons souvent importer du code et des données dans l'instance IRIS et exécuter du code personnalisé pour lancer la solution.

Lajos Simicska declares war on Viktor Orban: "It's either him or me!" - The  Budapest Beacon

Il existe de nombreux modèles sur Open Exchange dans lesquels nous suggérons comment initialiser REST, l'interopérabilité, l'analytics, le développement Fullstack et bien d'autres modèles utilisant ObjectScript. Mais qu'en est-il si nous souhaitons utiliser uniquement Python pour configurer l'environnement de développement d'un projet Embedded Python avec IRIS ?

De fait, la récente sortie de Embedded Python template est devenu le passe-partout du pur Python qui pourrait être un point de départ pour les développeurs qui créent des projets Python sans avoir besoin d'utiliser et d'apprendre ObjectScript. Cet article explique comment ce modèle pourrait être utilisé pour initialiser IRIS. C'est parti!

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Description du cas

Imaginons que vous soyez un développeur Python ou que vous disposiez d'une équipe bien formée et spécialisée en Python, mais que le délai dont vous disposez pour analyser certaines données dans IRIS est serré. Bien entendu, InterSystems propose de nombreux outils pour toutes sortes d’analyses et de traitements. Cependant, dans le scénario donné, il est préférable de faire le travail en utilisant les bons vieux Pandas et de laisser l'IRIS pour une autre fois.

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   _________ ___ ____  
  |__  /  _ \_ _|  _ \
    / /| |_) | || |_) |
   / /_|  __/| ||  __/
  /____|_|  |___|_|    

À partir de la version 2021.1, InterSystems IRIS a commencé à fonctionner avec l'exécution python dans le noyau du moteur. Cependant, il n'y avait aucun moyen d'installer des paquets à partir de l'instance. Le principal attrait de Python est son énorme écosystème de paquets. C'est dans cette optique que je vous présente mon projet secondaire zpip, un wrapper pip qui peut être appelé depuis le terminal iris.

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Titre: Une nouvelle version alpha de Python 3.12, plus rapide et plus légère, est désormais disponible

Résumé: Une nouvelle version alpha de Python 3.12, plus rapide et plus légère, est désormais disponible, apportant plusieurs améliorations au niveau du multitraitement et de la gestion des erreurs. Cette mise à jour promet des performances améliorées et une meilleure efficacité dans le traitement des tâches concurrentes. Les développeurs peuvent attendre avec impatience cette version qui devrait offrir une expérience encore plus fluide et une gestion des erreurs plus robuste. Python continue de s'améliorer en tant que langage de programmation de choix pour les projets de toutes tailles et de toutes complexités.

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Titre: Le plan de travail pour la future version 3.13 de Python a été dévoilé

Résumé: Le plan de travail pour la future version 3.13 de Python a été dévoilé, mettant l'accent sur deux objectifs majeurs : la réduction d'au moins 50% du temps passé dans l'interpréteur et une meilleure gestion de la mémoire. L'article présente les principales pistes envisagées pour atteindre ces objectifs ambitieux. Des améliorations spécifiques dans le fonctionnement de l'interpréteur Python sont explorées, visant à accélérer l'exécution des scripts et à rendre Python encore plus performant. La gestion de la mémoire est également au centre des préoccupations, avec des projets pour réduire la consommation et optimiser l'utilisation des ressources système. Cette future version de Python promet des avancées significatives qui pourraient impacter positivement les performances et l'efficacité des applications développées en Python. Les développeurs et passionnés de Python ont de quoi être enthousiastes quant aux améliorations à venir dans cette version 3.13 !

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Je suis fier d'annoncer la nouvelle version du logiciel iris-pex-embedded-python (v2.3.1) avec une nouvelle interface en ligne de commande.

Cette ligne de commande est appelée iop et signifie Interoperability On Python (interopérabilité sur Python).

Tout d'abord, j'aimerais présenter en quelques mots le projet et les principaux changements depuis la version 1.

Un bref historique du projet

La version 1.0 était une preuve de concept visant à montrer comment le cadre d'interopérabilité d'IRIS peut être utilisé avec une approche python first (priorité à Python) tout en restant compatible avec n'importe quel code ObjectScript existant.

Qu'est-ce que cela signifie ? Cela signifie que tout développeur python peut utiliser le cadre d'interopérabilité d'IRIS sans aucune connaissance d'ObjectScript.

Exemple :

from grongier.pex import BusinessOperation

class MyBusinessOperation(BusinessOperation):

    def on_message(self, request):
        self.log.info("Demande reçue")

Formidable, n'est-ce pas ?

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Découvrir Django

Django est un framework web conçu pour développer des serveurs et des API, et pour traiter des bases de données de manière rapide, évolutive et sécurisée. Pour ce faire, Django fournit des outils permettant non seulement de créer le squelette du code, mais aussi de le mettre à jour sans souci. Il permet aux développeurs de voir les changements presque en direct, de corriger les erreurs avec l'outil de débogage et de traiter la sécurité avec facilité.

Pour comprendre le fonctionnement de Django, examinons l'image :

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Introduction

Dans certains des derniers articles, j'ai parlé des types entre IRIS et Python, et il est clair qu'il n'est pas facile d'accéder aux objets d'un côté à l'autre.

Heureusement, un travail a déjà été fait pour créer SQLAlchemy-iris (suivez le lien pour le voir sur Open Exchange), qui rend tout beaucoup plus facile pour Python d'accéder aux objets d'IRIS, et je vais montrer les starters pour cela.

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Article
· Mai 19, 2023 3m de lecture
Apache Superset désormais avec IRIS

Apache Superset est une plate-forme moderne d'exploration et de visualisation des données. Superset peut remplacer ou augmenter les outils de business intelligence propriétaires pour de nombreuses équipes. Superset s'intègre bien à une variété de sources de données.

Désormais, il est également possible de l'utiliser avec InterSystems IRIS.

Une démo en ligne est disponible et elle utilise SQL d'IRIS Cloud comme source de données.

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Article
· Mai 15, 2023 5m de lecture
Tuples en tête

Aperçu général

En passant d'IRIS objectScript à Python, on s'aperçoit qu'il existe des différences syntaxiques fascinantes.

L'une d'entre elles concerne la manière dont Python renvoie des tuples à partir d'une méthode à décompression automatique.

En fait, il s'agit d'une méthode qui renvoie plusieurs valeurs. Quelle invention géniale :)

out1, out2 = some_function(in1, in2)

ObjectScript a une autre approche avec les paramètres ByRef et Output.

Do ##class(some_class).SomeMethod(.inAndOut1, in2, .out2)

Où:

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De nombreux facteurs influencent la qualité de vie des gens, et l'un des plus importants est le sommeil. La qualité de notre sommeil détermine notre capacité à fonctionner pendant la journée et affecte notre santé mentale et physique. Un sommeil de bonne qualité est essentiel à notre santé et à notre bien-être général. Par conséquent, en analysant les indicateurs précédant le sommeil, nous pouvons déterminer la qualité de notre sommeil. C'est précisément la fonctionnalité de l'application Sheep's Galaxy.

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Cet article est le deuxième d'une série expliquant comment créer un système d'apprentissage automatique de bout en bout.

Exploration des données

L'Intersystème IRIS dispose déjà de ce dont nous avons besoin pour explorer les données : un moteur SQL ! Pour les personnes qui ont l'habitude
d'explorer des données dans des fichiers
csv ou des fichiers texte, cela pourrait aider à accélérer cette étape. Fondamentalement, nous explorons toutes les données pour comprendre l'intersection
(jointures), ce qui devrait permettre de créer un jeu de données préparé pour être utilisé par un algorithme d'apprentissage automatique.

Tableau d'articles ( Fourni par l'équipe Intersystems )

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Tableaude balises ( Fourni par l'équipe Intersystems )
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Voici mon introduction à une série d'articles expliquant comment créer un système d'apprentissage automatique de bout en bout.

Un seul problème pour commencer

Notre communauté de développement d'IRIS a plusieurs messages sans balise ou mal balisés. Au fur et à mesure que le nombre de messages augmente, l'organisation de chaque balise et l'expérience d'un membre de la communauté qui parcourt les sujets tendent à diminuer.

Les premières solutions envisagées

Nous pouvons envisager quelques solutions habituelles pour ce scénario, comme par exemple :

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Sur GitHub, vous trouverez toutes les informations sur l'utilisation d'un modèle d'apprentissage automatique "HuggingFace" / modèle d'IA sur le cadre IRIS à l'aide de Python.

1. iris-huggingface

Utilisation de modèles d'apprentissage automatique dans IRIS à l'aide de Python ; pour les modèles texte-texte, texte-image ou image-image.

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Je vous présente mon nouveau projet, qui est irissqlcli, REPL (Read-Eval-Print Loop) pour InterSystems IRIS SQL

  • Mise en évidence de la syntaxe
  • Suggestions (tableaux, fonctions)
  • Plus de 20 formats de sortie
  • Support de stdin
  • Sortie vers des fichiers

L'installez avec pip

pip install irissqlcli

Ou lancez avec docker

docker run -it caretdev/irissqlcli irissqlcli iris://_SYSTEM:SYS@host.docker.internal:1972/USER

Connection à IRIS

$ irissqlcli iris://_SYSTEM@localhost:1972/USER -W
Password for _SYSTEM:
Server:  InterSystems IRIS Version 2022.3.0.606 xDBC Protocol Version 65
Version: 0.1.0
[SQL]_SYSTEM@localhost:USER> select $ZVERSION
+---------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Expression_1                                                                                            |
+---------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| IRIS for UNIX (Ubuntu Server LTS for ARM64 Containers) 2022.3 (Build 606U) Mon Jan 30 2023 09:05:12 EST |
+---------------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set
Time: 0.063s
[SQL]_SYSTEM@localhost:USER> help
+----------+-------------------+------------------------------------------------------------+
| Commande  | Raccourci          | Description                                                |
+----------+-------------------+------------------------------------------------------------+
| .exit    | \q                | Sortie.                                                      |
| .mode    | \T                | Modifier le format de tableau utilisé pour les résultats.            |
| .once    | \o [-o] filename  | Ajout du résultat suivant à un fichier de sortie (écraser en utilisant -o). |
| .schemas | \ds               | Liste des schémas.                                             |
| .tables  | \dt [schema]      | Liste des tableaux.                                               |
| \e       | \e                | Commande d'édition avec éditeur (utilise $EDITOR).                   |
| help     | \?                | Montre cette utilité.                                            |
| nopager  | \n                | Désactiver le pager, imprimer vers stdout.                            |
| notee    | notee             | Arrête l'écriture des résultats dans un fichier de sortie.                    |
| pager    | \P [command]      | Definition du PAGER. Impression des résultats de la requête via PAGER.              |
| prompt   | \R                | Modification du format de l'invite.                                      |
| quit     | \q                | Quit.                                                      |
| tee      | tee [-o] filename | Ajout de tous les résultats à un fichier de sortie (écraser en utilisant -o). |
+----------+-------------------+------------------------------------------------------------+
Time: 0.012s
[SQL]_SYSTEM@localhost:USER>
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Bonjour à tous, c'est avec grand plaisir que je vous annonce la V2 de mon application 'Contest-FHIR'.

Dans cette nouvelle version, j'ai utilisé de nouveaux outils et techniques que j'ai découverts lors de l'EUROPEAN HEALTHCARE HACKATHON auquel j'ai été invité par InterSystems en tant qu'invité et mentor pour présenter les multiples projets que j'ai réalisés lors de mon stage en avril 2022.

Aujourd'hui je vous présente la V2 de mon application, elle peut maintenant transformer un fichier CSV en FHIR en SQL en JUPYTER notebook.

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Dans ce GitHub nous recueillons des informations à partir d'un csv, nous utilisons une DataTransformation pour les transformer en un objet FHIR, puis nous sauvegardons ces informations sur un serveur FHIR, et tout cela en utilisant uniquement Python.

The objective is to show how easy it is to manipulate data into the output we want, here a FHIR Bundle, in the IRIS full Python framework.

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· Août 31, 2022 6m de lecture
Découvrir Django, partie 3

Nous continuons à observer les possibilités de Django, et son utilisation avec IRIS. Dans la première partie nous avons regardé comment définir des modèles et se connecter à des tableaux déjà existants dans IRIS, dans la suite nous avons étendu le portail d'administration intégré de Django, avec la possibilité de voir quelles données nous avons dans ces modèles, avec des filtres, l'édition et même la pagination.

Il est temps de passer à l'action, nous allons maintenant créer une API REST, sur Django, basée sur les mêmes données, que nous avons utilisées auparavant à partir du paquet posts-and-tags.

Pour ce faire, nous utiliserons Django REST Framework

Django REST Framework

Le cadre REST de Django est une boîte à outils puissante et flexible permettant de créer des API Web.

Quelques raisons pour lesquelles vous pourriez vouloir utiliser le cadre REST :

  • L'API navigable sur le Web est un avantage considérable pour vos développeurs.
  • Politiques d'authentification comprenant des paquets pour OAuth1a et OAuth2.
  • Sérialisation qui prend en charge les sources de données ORM et non ORM.
  • Personnalisable jusqu'en bas - utilisez simplement des visualisations régulières basées sur des fonctions si vous n'avez pas besoin des fonctionnalités les plus puissantes.
  • Une documentation complète et un support communautaire important.
  • Utilisé par des entreprises de renommée internationale, telles que Mozilla, Red Hat, Heroku et Eventbrite, qui lui font confiance.

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Article
· Août 29, 2022 9m de lecture
Découvrir Django, partie 2

Dans la première partie, j'ai montré comment démarrer un nouveau projet sur Django, ainsi que définir de nouveaux modèles et ajouter des modèles existants.

Cette fois, je vous présenterai un panneau d'administration, qui est disponible dès le départ, et comment il peut être utile.

Remarque importante : ne vous attendez pas à ce que si vous essayez de répéter les actions de cet article, cela fonctionnera pour vous, ce n'est pas le cas. Au cours de l'article, j'ai dû faire quelques corrections dans le projet django-iris, et même dans le pilote DB-API fait par InterSystems pour corriger certains problèmes là aussi, et je pense que ce pilote est encore en développement, et nous aurons un pilote plus stable dans le futur. Considérons que cet article ne fait qu'expliquer comment cela pourrait être si nous avions tous fait.

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