#FHIR

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Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR, prononcé « fire », en anglais) est un projet de norme décrivant des formats et des éléments de données (appelés « ressources ») et une interface de programmation d'applications (API) pour l'échange d'informations médicales électroniques.

Site officiel

Traitement des ressources FHIR avec FHIR SQL BUILDER pour prédire la probabilité de développer une hépatite C

Avec le développement de la technologie, l'industrie médicale progresse également constamment et les humains accordent souvent plus d'attention à leur propre santé.
En apprenant et en traitant des ensembles de données par ordinateur, les maladies peuvent être prédites.

Prérequis: Capacité à utiliser FHIR et ML

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· Mai 21 2m de lecture
Retour sur le Meetup FHIR France #13

Bonjour la Communauté !

Je voulais vous partager mes impressions du Meetup FHIR France #13, organisé par Fyrstain et sponsorisé par InterSystems – et franchement, c’était une soirée inoubliable ! C’était une soirée riche en échanges, en apprentissages et en belles rencontres !

L’accueil a débuté à 19h et @Guillaume Rongier a aidé à enregistrer les participants

Après avoir laissé les participants arriver tranquillement, nous avons officiellement lancé la soirée. Fanch Rouault a souhaité la bienvenue au nom de Fyrstain

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Introduction

J'ai récemment participé à une séance pratique formidablement organisée par @Patrick Jamieson au cours de laquelle une application Angular a été configurée avec un serveur IRIS FHIR en suivant les protocoles définis par SMART On FHIR. J'ai trouvé cela très intéressant et j'ai donc décidé de développer ma propre application Angular et de profiter ainsi de ce que j'ai appris en la publiant au sein de la communauté.

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Cela fait maintenant plus de 2 ans que j'utilise quotidiennement Embedded Python.
Il est peut-être temps de partager un retour d'expérience sur ce parcours.

Pourquoi écrire ce commentaire de retour d'expérience? Parce que, je suppose, je suis comme la plupart de mes collègues ici, un développeur ObjectScript, et je pense que la communauté bénéficierait de ce retour d'expérience et pourrait mieux comprendre les avantages et les inconvénients du choix de Embedded Python pour développer quelque chose dans IRIS. Et aussi éviter certains pièges.

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Bonjour collègues !

Lors du développement d'une application front-end ou de toute autre communication avec l'API REST, il est souvent judicieux d'utiliser une Swagger UI, une interface de test pour l'API REST conforme à la spécification Open API 2.0. Elle est généralement très pratique, car elle permet d'effectuer des tests manuels rapides avec l'API REST, ses réponses et les données qu'elle contient.

J'ai récemment intégré la prise en charge de Swagger dans InterSystems IRIS FHIR template pour l'API FHIR R4 :

Comment le faire fonctionner.

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Dans l'article précédent, nous avons présenté l'architecture de notre projet SMART On FHIR, il est donc temps de passer aux choses sérieuses et de commencer à configurer tous les éléments qui seront nécessaires.

Nous commençons avec Auth0.

Configuration de l'Auth0

Commençons par créer un compte Auth0 avec un email valide, une fois enregistré il nous faut créer notre première application, et nous le ferons à partir du menu de gauche:

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· Oct 20, 2023 8m de lecture
Les Notes du FHIR User Day à Rennes

Bonjour à toutes et à tous !

InterSystems a sponsorisé le FHIR User Day qui a eu lieu lors de la semaine européenne de la e-santé. Et je voudrais partager avec vous mes notes de cet événement. Mais avant ça, j'ai le plaisir à vous infirmer que la journée a été entièrement filmée. Les vidéos des différentes interventions seront transmises dans les semaines à venir. Restez à l'écoute!

Sans perte de temps, voici toute l'info.

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Les fournisseurs de solutions numériques dans le domaine de la santé sont soumis à une pression croissante pour intégrer des systèmes complexes de données de santé tout en garantissant l'évolutivité, la sécurité et la conformité à des normes telles que HL7 FHIR. Les ressources FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) ont révolutionné l'échange de données de santé en proposant un cadre normalisé qui permet à divers systèmes informatiques de santé de communiquer sans difficulté. Mais il ne suffit pas de se conformer aux normes FHIR pour surmonter les complexités de l'intégration des données de santé. Les partenaires de solutions doivent tirer parti de composants architecturaux avancés tels que les courtiers, les façades et les référentiels FHIR pour créer des solutions évolutives et efficaces. InterSystems offre toutes les fonctionnalités essentielles dont vous avez besoin pour mettre en œuvre FHIR pour vos données de santé, que ce soit sur site, dans un cloud public ou sous forme de service cloud géré par InterSystems.

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Nous concluons cette série d'articles SMART On FHIR avec Auth0 et le référentiel FHIR d'InterSystems IRIS en passant en revue notre application développée en Angular 16.

Rappelons à quoi ressemble l'architecture définie pour notre solution:

Notre application qui servira de front-end correspond à la deuxième colonne et comme vous pouvez le voir, elle sera en charge de deux choses:

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Introduction

Dans mon article précédent, j'ai présenté le module IRIStool, qui intègre de manière transparente la bibliothèque pandas pour Python à la base de données IRIS. Je vais maintenant vous expliquer comment utiliser IRIStool pour exploiter InterSystems IRIS comme base pour une recherche sémantique intelligente dans les données de soins de santé au format FHIR.

Cet article décrit ce que j'ai fait pour créer une base de données pour mon autre projet, FHIR Data Explorer. Les deux projets sont candidats au concours InterSystems actuel, alors n'hésitez pas à voter pour eux si vous les trouvez utiles.

Ils sont disponibles sur Open Exchange:

Dans cet article, nous aborderons les sujets suivants:

  • Connexion à la base de données InterSystems IRIS via Python
  • Création d'un schéma de base de données compatible FHIR
  • Importation de données FHIR au moyen d'intégrations vectorielles pour la recherche sémantique

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L’interopérabilité dans le secteur de la santé a fait l’objet d’une attention particulière au cours de la dernière décennie, tant dans le cadre législatif que dans le secteur des technologies de la santé. Les API constituent un espace de développement crucial pour une meilleure interopérabilité, et de nombreux développeurs de systèmes d’information hospitalier (SIH) les déploient pour améliorer les offres de logiciels intégrés.

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· Jan 20, 2023 12m de lecture
Création de questionnaires FHIR

Intersystems IRIS for Health offre un excellent support pour la norme sectorielle FHIR. Les principales caractéristiques sont :
1. Serveur FHIR
2. Base de données FHIR
3. API REST et ObjectScript pour les opérations CRUD sur les ressources FHIR (patient, questionnaire, vaccins, etc.)

Cet article explique comment utiliser chacune de ces fonctionnalités, et présente un front-end angulaire permettant de créer et d'afficher des ressources FHIR de type Quiz.

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Dans ce GitHub nous recueillons des informations à partir d'un csv, nous utilisons une DataTransformation pour les transformer en un objet FHIR, puis nous sauvegardons ces informations sur un serveur FHIR, et tout cela en utilisant uniquement Python.

The objective is to show how easy it is to manipulate data into the output we want, here a FHIR Bundle, in the IRIS full Python framework.

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Lors de la création d'un bundle à partir de données héritées, je (et d'autres) souhaitais pouvoir contrôler si les ressources étaient générées avec une méthode de requête FHIR PUT plutôt qu'avec la méthode POST codée en dur. J'ai étendu les deux classes responsables de la transformation de SDA en FHIR dans une production d'interopérabilité afin de prendre en charge un paramètre permettant à l'utilisateur de contrôler la méthode de requête.

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· Avr 14 5m de lecture
Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.

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L'interopérabilité des soins de santé permet d'améliorer les soins aux patients, de réduire les coûts des prestataires de soins et de fournir une image plus précise aux prestataires. Cependant, avec un si grand nombre de systèmes différents, les données sont formatées de nombreuses manières différentes. De nombreuses normes ont été créées pour tenter de résoudre ce problème, notamment HL7v2, HL7v3 et CDA, mais toutes présentent des inconvénients.

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Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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Bonjour, chers développeurs !

Dans cet article, je vais vous montrer comment configurer le référentiel FHIR + le serveur d'autorisation OAuth2/serveur de ressources sur IRIS for Health en suivant l'article précédent.

Dans la partie 1, nous vous présentons les préparatifs préliminaires, la configuration du serveur d'autorisation OAuth2 et l'obtention du jeton d'accès.
La partie 2 vous explique comment construire un référentiel FHIR et configurer un client/serveur de ressources OAuth2.

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Lorsque nous créons un référentiel FHIR dans IRIS, nous avons un point de terminaison pour accéder à l'information, créer de nouvelles ressources, etc. Mais il y a certaines ressources dans FHIR que nous n'aurons probablement pas dans notre référentiel, par exemple, la ressource Binary (cette ressource renvoie des documents, comme des PDF par exemple).

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Introduction

Dans mon dernier article, j'ai présenté FHIR Data Explorer, une application de validation de concept qui connecte InterSystems IRIS, Python, et Ollama afin de permettre la recherche sémantique et la visualisation des données de soins de santé au format FHIR. Ce projet participe actuellement au concours InterSystems External Language Contest.

Dans cette suite, nous verrons comment j'ai intégré Ollama pour générer les résumés des dossiers médicaux directement à partir des données FHIR structurées stockées dans IRIS, à l'aide de modèles linguistiques locaux légers (LLM) tels que Llama 3.2:1B ou Gemma 2:2B.

L'objectif était de créer un pipeline d'IA entièrement local capable d'extraire, de formater et de présenter les dossiers médicaux des patients tout en garantissant la confidentialité et le contrôle total des données.

Toutes les données des patients utilisées dans cette démonstration proviennent de paquets FHIR, qui ont été analysés et chargés dans IRIS via le module IRIStool. Cette approche facilite la requête, la conversion et la vectorisation des données de soins de santé à l'aide d'opérations pandas familières en Python. Si vous désirez en savoir plus sur la manière dont j'ai construit cette intégration, consultez mon article précédent Création d'un référentiel vectoriel FHIR avec InterSystems IRIS et Python via le module IRIStool.

Les deux outils, IRIStool et FHIR Data Explorer sont disponibles sur InterSystems Open Exchange — et font partie de mes contributions au concours. Si vous les trouvez utiles, n'hésitez pas à voter pour eux!

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Ces dernières années, l'émergence de la norme FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) a suscité un enthousiasme croissant parmi les experts en informatique médicale du monde entier. Cette tendance n'est pas juste une autre itération des normes et de la technologie. Elle a le potentiel de transformer et révolutionner l'ensemble du secteur. Il est donc nécessaire de la rendre accessible au plus grand nombre, pour qu’elle ne se cantonne pas au domaine technique, mais soit adoptée par les décideurs et leaders d'opinion. Si SantExpo 2022 a déjà dévoilé de grands progrès à cet égard, nous devons aller encore plus loin.

L'ère de la norme FHIR : pourquoi FHIR devrait vous intéresser ?

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