Traitement des ressources FHIR avec FHIR SQL BUILDER pour prédire la probabilité de développer une hépatite C

Avec le développement de la technologie, l'industrie médicale progresse également constamment et les humains accordent souvent plus d'attention à leur propre santé.
En apprenant et en traitant des ensembles de données par ordinateur, les maladies peuvent être prédites.

Prérequis: Capacité à utiliser FHIR et ML

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· Mai 21 2m de lecture
Retour sur le Meetup FHIR France #13

Bonjour la Communauté !

Je voulais vous partager mes impressions du Meetup FHIR France #13, organisé par Fyrstain et sponsorisé par InterSystems – et franchement, c’était une soirée inoubliable ! C’était une soirée riche en échanges, en apprentissages et en belles rencontres !

L’accueil a débuté à 19h et @Guillaume Rongier a aidé à enregistrer les participants

Après avoir laissé les participants arriver tranquillement, nous avons officiellement lancé la soirée. Fanch Rouault a souhaité la bienvenue au nom de Fyrstain

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Introduction

J'ai récemment participé à une séance pratique formidablement organisée par @Patrick Jamieson au cours de laquelle une application Angular a été configurée avec un serveur IRIS FHIR en suivant les protocoles définis par SMART On FHIR. J'ai trouvé cela très intéressant et j'ai donc décidé de développer ma propre application Angular et de profiter ainsi de ce que j'ai appris en la publiant au sein de la communauté.

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Cela fait maintenant plus de 2 ans que j'utilise quotidiennement Embedded Python.
Il est peut-être temps de partager un retour d'expérience sur ce parcours.

Pourquoi écrire ce commentaire de retour d'expérience? Parce que, je suppose, je suis comme la plupart de mes collègues ici, un développeur ObjectScript, et je pense que la communauté bénéficierait de ce retour d'expérience et pourrait mieux comprendre les avantages et les inconvénients du choix de Embedded Python pour développer quelque chose dans IRIS. Et aussi éviter certains pièges.

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Bonjour collègues !

Lors du développement d'une application front-end ou de toute autre communication avec l'API REST, il est souvent judicieux d'utiliser une Swagger UI, une interface de test pour l'API REST conforme à la spécification Open API 2.0. Elle est généralement très pratique, car elle permet d'effectuer des tests manuels rapides avec l'API REST, ses réponses et les données qu'elle contient.

J'ai récemment intégré la prise en charge de Swagger dans InterSystems IRIS FHIR template pour l'API FHIR R4 :

Comment le faire fonctionner.

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Dans l'article précédent, nous avons présenté l'architecture de notre projet SMART On FHIR, il est donc temps de passer aux choses sérieuses et de commencer à configurer tous les éléments qui seront nécessaires.

Nous commençons avec Auth0.

Configuration de l'Auth0

Commençons par créer un compte Auth0 avec un email valide, une fois enregistré il nous faut créer notre première application, et nous le ferons à partir du menu de gauche:

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· Oct 20, 2023 8m de lecture
Les Notes du FHIR User Day à Rennes

Bonjour à toutes et à tous !

InterSystems a sponsorisé le FHIR User Day qui a eu lieu lors de la semaine européenne de la e-santé. Et je voudrais partager avec vous mes notes de cet événement. Mais avant ça, j'ai le plaisir à vous infirmer que la journée a été entièrement filmée. Les vidéos des différentes interventions seront transmises dans les semaines à venir. Restez à l'écoute!

Sans perte de temps, voici toute l'info.

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L’interopérabilité dans le secteur de la santé a fait l’objet d’une attention particulière au cours de la dernière décennie, tant dans le cadre législatif que dans le secteur des technologies de la santé. Les API constituent un espace de développement crucial pour une meilleure interopérabilité, et de nombreux développeurs de systèmes d’information hospitalier (SIH) les déploient pour améliorer les offres de logiciels intégrés.

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Nous concluons cette série d'articles SMART On FHIR avec Auth0 et le référentiel FHIR d'InterSystems IRIS en passant en revue notre application développée en Angular 16.

Rappelons à quoi ressemble l'architecture définie pour notre solution:

Notre application qui servira de front-end correspond à la deuxième colonne et comme vous pouvez le voir, elle sera en charge de deux choses:

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Bonjour la communauté,

Cet article montre comment créer des ressources pour le patient et l'observation du patient en utilisant l'application iris-fhir-client .
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Je recommande de lire mon premier article sur cette application et de regarder le Video Youtube avant de continuer.

Donc commençons

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Bonjour à tous, c'est avec grand plaisir que je vous annonce la V2 de mon application 'Contest-FHIR'.

Dans cette nouvelle version, j'ai utilisé de nouveaux outils et techniques que j'ai découverts lors de l'EUROPEAN HEALTHCARE HACKATHON auquel j'ai été invité par InterSystems en tant qu'invité et mentor pour présenter les multiples projets que j'ai réalisés lors de mon stage en avril 2022.

Aujourd'hui je vous présente la V2 de mon application, elle peut maintenant transformer un fichier CSV en FHIR en SQL en JUPYTER notebook.

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InterSystems IRIS for Health v2024.3 est déjà disponible en tant qu'aperçu pour les développeurs depuis un certain temps, et je voulais souligner la nouvelle prise en charge liée à la recherche FHIR qui a été introduite.

Il existe deux modificateurs dont la prise en charge a été ajoutée :

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Dans l'article précédent, nous avons vu comment récupérer une ressource stockée dans la base de données de notre HIS particulier, nous allons donc voir aujourd'hui comment ajouter de nouveaux dossiers dans notre HIS dont l'origine est une ressource FHIR reçue dans notre système.

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Il y a environ un mois, j'ai commencé à travailler sur l'utilisation du logiciel Epic on FHIR.

Création d'une paires de clés publiques-privées

mkdir /home/ec2-user/path_to_key
openssl genrsa -out ./path_to_key/privatekey.pem 2048

Pour les applications back-end, vous pouvez exporter la clé publique vers un certificat X.509 encodé en base64 intitulé publickey509.pem à l'aide de la commande ci-dessous...

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Salut !

Récemment, j'ai eu besoin de configurer un serveur FHIR local à l'aide d'IRIS For Health et je pense avoir trouvé le moyen le plus simple et le plus simple qui soit.

Exécutez simplement dans le terminal ces deux lignes ci-dessous :

docker run --rm --name my-iris -d --publish 9091:1972 --publish 9092:52773 intersystemsdc/irishealth-community

et

docker exec -it my-iris iris session iris -U "USER" '##class(%ZPM.PackageManager).Shell("install fhir-server")'

Et vous aurez un serveur FHIR exécuté localement sur http://localhost:9092/fhir/r4.

AUssi simple que ça !

Le serveur FHIR utilisera la dernière version d'InterSystems IRIS for Health Community Edition et déploiera FHIR server from this app via le package IPM dans l'espace de noms FHIRSERVER.

Ceci est pour Mac, alors veuillez ajouter des commentaires sur la façon dont cela fonctionne sous Windows.

Il s'agit d'un article très court car il est très simple de configurer un serveur FHIR local avec InterSystems IRIS for Health et IPM Package Manager.

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Introduction

Pour atteindre des performances optimisées en matière d'IA, une explicabilité robuste, une adaptabilité et une efficacité dans les solutions de santé, InterSystems IRIS sert de fondation centrale pour un projet au sein du cadre multi-agent x-rAI. Cet article offre une analyse approfondie de la manière dont InterSystems IRIS permet le développement d'une plateforme d'analyse de données de santé en temps réel, permettant des analyses avancées et des informations exploitables. La solution exploite les points forts d'InterSystems IRIS, notamment le SQL dynamique, les capacités natives de recherche vectorielle, la mise en cache distribuée (ECP) et l'interopérabilité FHIR. Cette approche innovante s'aligne directement sur les thèmes du concours « Utilisation du SQL dynamique et SQL intégré », « GenAI, recherche vectorielle » et « FHIR, DME », démontrant une application pratique d'InterSystems IRIS dans un contexte critique de santé.

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· Jan 20, 2023 12m de lecture
Création de questionnaires FHIR

Intersystems IRIS for Health offre un excellent support pour la norme sectorielle FHIR. Les principales caractéristiques sont :
1. Serveur FHIR
2. Base de données FHIR
3. API REST et ObjectScript pour les opérations CRUD sur les ressources FHIR (patient, questionnaire, vaccins, etc.)

Cet article explique comment utiliser chacune de ces fonctionnalités, et présente un front-end angulaire permettant de créer et d'afficher des ressources FHIR de type Quiz.

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Dans ce GitHub nous recueillons des informations à partir d'un csv, nous utilisons une DataTransformation pour les transformer en un objet FHIR, puis nous sauvegardons ces informations sur un serveur FHIR, et tout cela en utilisant uniquement Python.

The objective is to show how easy it is to manipulate data into the output we want, here a FHIR Bundle, in the IRIS full Python framework.

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Lors de la création d'un bundle à partir de données héritées, je (et d'autres) souhaitais pouvoir contrôler si les ressources étaient générées avec une méthode de requête FHIR PUT plutôt qu'avec la méthode POST codée en dur. J'ai étendu les deux classes responsables de la transformation de SDA en FHIR dans une production d'interopérabilité afin de prendre en charge un paramètre permettant à l'utilisateur de contrôler la méthode de requête.

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· Avr 14 5m de lecture
Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.

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L'interopérabilité des soins de santé permet d'améliorer les soins aux patients, de réduire les coûts des prestataires de soins et de fournir une image plus précise aux prestataires. Cependant, avec un si grand nombre de systèmes différents, les données sont formatées de nombreuses manières différentes. De nombreuses normes ont été créées pour tenter de résoudre ce problème, notamment HL7v2, HL7v3 et CDA, mais toutes présentent des inconvénients.

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Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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Bonjour, chers développeurs !

Dans cet article, je vais vous montrer comment configurer le référentiel FHIR + le serveur d'autorisation OAuth2/serveur de ressources sur IRIS for Health en suivant l'article précédent.

Dans la partie 1, nous vous présentons les préparatifs préliminaires, la configuration du serveur d'autorisation OAuth2 et l'obtention du jeton d'accès.
La partie 2 vous explique comment construire un référentiel FHIR et configurer un client/serveur de ressources OAuth2.

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