Article
· Sept 22, 2023 8m de lecture
Stratégie Python pour Iris FHIR

Description

Avec le Serveur InterSystems IRIS FHIR, vous pouvez construire une stratégie pour personnaliser le comportement du serveur (pour plus de détails, consultez documentation).

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Ce référentiel contient une stratégie Python qui peut être utilisée comme point de départ pour construire votre propre stratégie en Python.

Cette stratégie de démonstration présente les caractéristiques suivantes :

  • Mettre à jour la déclaration de capacité pour supprimer la ressource Account (compte).
  • Simuler un système de gestion de consentement pour accorder ou non l'accès à la ressource Observation.
    • Si l'utilisateur a des droits suffisants, la ressource Observation est renvoyée.
    • Sinon, la ressource Observation n'est pas renvoyée.
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Dans cette série d'articles, j'aimerais présenter et discuter de plusieurs approches possibles pour le développement de logiciels avec les technologies d'InterSystems et GitLab. J'aborderai des sujets tels que:

  • Git 101
  • Flux Git (processus de développement)
  • Installation de GitLab
  • Flux de travail GitLab
  • Diffusion continue
  • Installation et configuration de GitLab
  • GitLab CI/CD
  • Pourquoi des conteneurs?
  • Infrastructure de conteneurs
  • CD utilisant des conteneurs

Dans le premier article, nous avons évoqué les notions de base de Git, les raisons pour lesquelles une compréhension approfondie des concepts de Git est importante pour le développement de logiciels modernes et la manière dont Git peut être utilisé pour développer des logiciels.

Dans le deuxième article, nous avons évoqué le flux de travail GitLab - un processus complet du cycle de vie du logiciel ainsi que Diffusion continue.

Dans le troisième article, nous avons évoqué l'installation et la configuration de GitLab et la connexion de vos environnements à GitLab

Dans le quatrième article, nous avons écrit une configuration de CD.

Dans le cinquième article, nous avons parlé des conteneurs et de la manière dont ils peuvent être utilisés (et pour quelles raisons).

Dans le sixème article nous abordons des principaux composants dont vous aurez besoin pour exécuter un pipeline de diffusion continue avec des conteneurs et de la façon dont ils fonctionnent tous ensemble.

Dans cet article, nous allons créer une configuration de diffusion continue décrite dans les articles précédents.

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Les systèmes EHR (Electronic Health Record) sont modélisés dans un format/structure propriétaire et ne sont pas basés sur des modèles du marché tels que FHIR ou HL7. Certains de ces systèmes peuvent interopérer des données dans un format propriétaire pour FHIR et d'autres modèles de marché, mais pas tous. InterSystems dispose de deux plateformes capables d'interopérer des formats propriétaires pour ceux du marché : InterSystems HealthShare Connect et InterSystems IRIS for Health. La fonctionnalité de transformation (DTL - Data Transformation Language) de ces plateformes peut recevoir des données dans n'importe quel format, structure ou canal de communication (CSV, JSON, XML, et autres via FTP, File, HTTP, etc.) et les transformer directement en formats du marché (FHIR, CDA, HL7, etc.). Cependant, InterSystems dispose d'un format intermédiaire appelé SDA (Summary Document Architecture) qui est utilisé par ces plateformes pour générer sans effort des FHIR STU, R3, R4, HL7v2, HL7v3, etc. En outre, lorsqu'elles sont au format SDA, les données de santé peuvent être conservées dans le RCU HealthShare. Ainsi, le format propriétaire/personnel est d'abord transformé en SDA, puis les données peuvent être automatiquement converties dans n'importe quel format du marché, ainsi que sauvegardées dans HealthShare. Dans cet article, nous allons vous montrer comment transformer des données propriétaires/personnalisées en SDA à l'aide d'IRIS for Health. L'exemple de données que nous avons utilisé a été généré par le projet de génération de données en masse SYNTHEA (https://synthea.mitre.org/downloads). Nous allons convertir 1000 patients d'un fichier CSV en SDA, en utilisant les fonctions d'interopérabilité d'IRIS for Health.

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Il s'agit d'un modèle de base pour un environnement de développement permettant de travailler avec ObjectScript dans InterSystems IRIS. Il vous aide à éditer, compiler, commettre/pousser, déboguer et tester votre code ObjectScript. Il aide également à conditionner votre application en tant que module installable avec IPM. Le modèle est compatible avec Embedded Python.

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· Sept 14, 2023 8m de lecture
Procédure stockée en Embedded Python

Aperçu

La documentation en ligne contient une référence expliquant comment définir et utiliser les requêtes de classes.

La personnalisation des procédures stockées en ObjectScript s'est avérée utile pour accéder au stockage NoSQL et à la messagerie externe via l'intégration, afin de présenter la sortie sous forme de tableau.

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Dans cette série d'articles, j'aimerais présenter et discuter de plusieurs approches possibles pour le développement de logiciels avec les technologies d'InterSystems et GitLab. J'aborderai des sujets tels que:

  • Git 101
  • Flux Git (processus de développement)
  • Installation de GitLab
  • Flux de travail GitLab
  • Diffusion continue
  • Installation et configuration de GitLab
  • GitLab CI/CD
  • Pourquoi des conteneurs?
  • Infrastructure de conteneurs
  • CD utilisant des conteneurs
  • CD utilisant ICM

Dans cet article, nous allons créer une diffusion continue avec InterSystems Cloud Manager. ICM est une solution de déploiement et de provisionnement en nuage pour les applications basées sur InterSystems IRIS. Il vous permet de définir la configuration de déploiement souhaitée et ICM la provisionne automatiquement. Pour plus d'informations, consultez : First Look : ICM.

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· Juil 22, 2022 10m de lecture
IRIS native API pour Python

Introduction

Depuis la version 2019.2, InterSystems IRIS fournit son API native pour Python comme méthode d'accès aux données haute performance. L'API native vous permet d'interagir directement avec la structure de données IRIS native.

Globales

En tant que développeurs InterSystems, vous êtes probablement déjà familiarisés avec les globales. Nous allons passer en revue les bases au cas où vous souhaiteriez un rafraîchissement, mais n'hésitez pas à passer directement à la section suivante.

InterSystems IRIS utilise des globales pour stocker les données. Une globale est un tableau clairsemé qui se compose de nœuds qui peuvent ou non avoir une valeur et de sous-nœuds. Ce qui suit est un exemple abstrait d'une globale :

Représentation arborescente d'une globale

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· Jan 9, 2023 109m de lecture
Nouvelles extensions SDA de HealthShare

Création et utilisation des nouvelles extensions SDA pour le stockage d'éléments de données personnalisés

Dans HSCore 15.01, il existe une nouvelle façon de stocker les éléments de données personnalisés. HealthShare peut désormais utiliser des extensions personnalisées pour de nombreux éléments SDA.

Cet article a pour but de :

  1. Montrer comment configurer votre système pour utiliser les extensions SDA.
  2. Créer une nouvelle propriété d'extension SDA
  3. Utiliser la nouvelle propriété d'extension SDA dans les transactions HL7
  4. Interagir avec les nouvelles données
  5. Montrer la nouvelle extension SDA utilisée dans une personnalisation du Rapport de résumé du patient (Patient Summary Report).
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Voici mon introduction à une série d'articles expliquant comment créer un système d'apprentissage automatique de bout en bout.

Un seul problème pour commencer

Notre communauté de développement d'IRIS a plusieurs messages sans balise ou mal balisés. Au fur et à mesure que le nombre de messages augmente, l'organisation de chaque balise et l'expérience d'un membre de la communauté qui parcourt les sujets tendent à diminuer.

Les premières solutions envisagées

Nous pouvons envisager quelques solutions habituelles pour ce scénario, comme par exemple :

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La méthode InstallFoundation est manquante (IRIS 2023.2+)

IRIS 2023.2 est récemment sorti. Cette version a supprimé cette méthode InstallFoundation de cette classe HS.HC.Util.Installer. Il s’agissait d’une méthode privée et elle n’était pas documentée. Mais il a été largement utilisé par la communauté pour installer le serveur FHIR.

Donc si vous rencontrez cette erreur :

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· Juin 13, 2022 19m de lecture
Quatre API pour les bases de données

Une session concurrente dans IRIS : SQL, Objects, REST, et GraphQL

Kazimir Malevitch, "Athlètes" (1932)

"Mais bien sûr, vous ne comprenez pas ! Comment celui qui a toujours voyagé en calèche peut-il comprendre les sentiments et les impressions du voyageur en express ou du pilote dans les airs ?"

Kazimir Malevich (1916)

Introduction

Nous avons déjà abordé le sujet des raisons pour lesquelles la représentation objet/type est préférable à SQL pour la mise en œuvre des modèles de domaine. Et ces conclusions et ces faits sont aussi vrais aujourd'hui qu'ils l'ont toujours été. Alors pourquoi devrions-nous faire un pas en arrière et discuter des technologies qui ramènent les abstractions au niveau global, où elles se trouvaient à l'ère pré-objet et pré-type ? Et pourquoi devrions-nous encourager l'utilisation d'un code spaghetti, qui donne lieu à des bogues difficiles à repérer et qui ne repose que sur les compétences virtuoses des développeurs ?

Plusieurs arguments sont favorables à la transmission de données via des API basées sur SQL/REST/GraphQL plutôt qu'à leur représentation sous forme de types/objects:

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· Août 31, 2022 6m de lecture
Découvrir Django, partie 3

Nous continuons à observer les possibilités de Django, et son utilisation avec IRIS. Dans la première partie nous avons regardé comment définir des modèles et se connecter à des tableaux déjà existants dans IRIS, dans la suite nous avons étendu le portail d'administration intégré de Django, avec la possibilité de voir quelles données nous avons dans ces modèles, avec des filtres, l'édition et même la pagination.

Il est temps de passer à l'action, nous allons maintenant créer une API REST, sur Django, basée sur les mêmes données, que nous avons utilisées auparavant à partir du paquet posts-and-tags.

Pour ce faire, nous utiliserons Django REST Framework

Django REST Framework

Le cadre REST de Django est une boîte à outils puissante et flexible permettant de créer des API Web.

Quelques raisons pour lesquelles vous pourriez vouloir utiliser le cadre REST :

  • L'API navigable sur le Web est un avantage considérable pour vos développeurs.
  • Politiques d'authentification comprenant des paquets pour OAuth1a et OAuth2.
  • Sérialisation qui prend en charge les sources de données ORM et non ORM.
  • Personnalisable jusqu'en bas - utilisez simplement des visualisations régulières basées sur des fonctions si vous n'avez pas besoin des fonctionnalités les plus puissantes.
  • Une documentation complète et un support communautaire important.
  • Utilisé par des entreprises de renommée internationale, telles que Mozilla, Red Hat, Heroku et Eventbrite, qui lui font confiance.

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Bonjour aux développeurs !

Il est possible que vous ayez à mettre en œuvre des scénarios qui ne nécessitent pas de référentiel FHIR, mais qui transmettent des demandes FHIR, gèrent les réponses et, éventuellement, exécutent des transformations ou extraient certaines valeurs entre les deux. Je vous propose ici quelques exemples qui peuvent être mis en œuvre en utilisant les systèmes InterSystems IRIS For Health et HealthShare Health Connect.

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Voulez-vous être sûr que vos transformations de données fonctionnent comme prévu avec une seule commande ? Et que diriez-vous d'écrire des tests unitaires pour vos transformations de données de manière simple et rapide ?

Les transformations de données sont généralement très présentes lorsqu'on parle d'interopérabilité. Ces transformations de données sont utilisées pour convertir les données entre différents systèmes ou applications dans votre code, et elles ont donc un rôle très important à jouer.

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Cet article est le deuxième d'une série expliquant comment créer un système d'apprentissage automatique de bout en bout.

Exploration des données

L'Intersystème IRIS dispose déjà de ce dont nous avons besoin pour explorer les données : un moteur SQL ! Pour les personnes qui ont l'habitude
d'explorer des données dans des fichiers
csv ou des fichiers texte, cela pourrait aider à accélérer cette étape. Fondamentalement, nous explorons toutes les données pour comprendre l'intersection
(jointures), ce qui devrait permettre de créer un jeu de données préparé pour être utilisé par un algorithme d'apprentissage automatique.

Tableau d'articles ( Fourni par l'équipe Intersystems )

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Tableaude balises ( Fourni par l'équipe Intersystems )
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Parfois, nous devons savoir avec certitude si l'environnement actuel dispose de suffisamment de noyaux, de mémoire et de bande passante pour prendre en charge le nombre prévu d'utilisateurs et les accords de niveau de service tels que la latence, le temps de réponse et la disponibilité. C'est le cas pour les bases de données et les backends. C'est pourquoi il est obligatoire, pour les applications et les bases de données critiques, de simuler les demandes simultanées/concurrentes des utilisateurs et de collecter des données sur les performances et la disponibilité.

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Description du cas

Imaginons que vous soyez un développeur en Python ou que vous disposiez d'une équipe bien formée et spécialisée en Python, mais que le délai qui vous est imparti pour analyser certaines données dans IRIS soit serré. Bien sûr, InterSystems offre de nombreux outils pour toutes sortes d'analyses et de traitements. Cependant, dans le scénario donné, il est préférable de faire le travail en utilisant le bon vieux Pandas et de laisser IRIS pour une autre fois.

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Après presque quatre ans de pause, ma série CI/CD est de retour ! Au fil des ans, j'ai travaillé avec plusieurs clients d'InterSystems, développant des pipelines CI/CD pour différents cas d'utilisation. J'espère que les informations présentées dans cet article seront utiles à quelqu'un.

Cette série d'articles aborde plusieurs approches possibles du développement logiciel avec les technologies InterSystems et GitLab.

Nous avons une gamme passionnante de sujets à couvrir: aujourd'hui, parlons de choses au - delà du code, à savoir les configurations et les données.

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InterSystems FAQ rubric

Sous Linux, utilisez la commande iris pour exécuter une routine ou une méthode à partir d'un shell et obtenir la valeur de retour.

Pour plus d'informations, veuillez consulter le document "About Instance Connections".

Voici un exemple de commande.

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Vous avez probablement entendu parler des bases de données NoSQL. Il existe plusieurs définitions, mais pour simplifier, ce terme est couramment utilisé pour désigner les bases de données qui n'utilisent littéralement pas le langage SQL, c'est-à-dire les bases de données autres que les bases de données relationnelles (RDB).

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· Août 29, 2022 9m de lecture
Découvrir Django, partie 2

Dans la première partie, j'ai montré comment démarrer un nouveau projet sur Django, ainsi que définir de nouveaux modèles et ajouter des modèles existants.

Cette fois, je vous présenterai un panneau d'administration, qui est disponible dès le départ, et comment il peut être utile.

Remarque importante : ne vous attendez pas à ce que si vous essayez de répéter les actions de cet article, cela fonctionnera pour vous, ce n'est pas le cas. Au cours de l'article, j'ai dû faire quelques corrections dans le projet django-iris, et même dans le pilote DB-API fait par InterSystems pour corriger certains problèmes là aussi, et je pense que ce pilote est encore en développement, et nous aurons un pilote plus stable dans le futur. Considérons que cet article ne fait qu'expliquer comment cela pourrait être si nous avions tous fait.

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Bonjour, chers développeurs !

Dans cette série, je ne vous montrerai pas comment utiliser IRIS for Health, mais plutôt comment utiliser SUSHI, un outil de création de profils FHIR, en tant que technologie associée.

Quand on a les outils adéquats, les informations du profil (spécifications, limitations, extensions, etc.) d'un projet FHIR peuvent être bien organisées et publiées.

Avant de commencer, qu'est-ce que le SUSHI ? Je vais l'expliquer brièvement.

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