#FHIR

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Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR, prononcé « fire », en anglais) est un projet de norme décrivant des formats et des éléments de données (appelés « ressources ») et une interface de programmation d'applications (API) pour l'échange d'informations médicales électroniques.

Site officiel

Article
· Mai 21 2m de lecture
Retour sur le Meetup FHIR France #13

Bonjour la Communauté !

Je voulais vous partager mes impressions du Meetup FHIR France #13, organisé par Fyrstain et sponsorisé par InterSystems – et franchement, c’était une soirée inoubliable ! C’était une soirée riche en échanges, en apprentissages et en belles rencontres !

L’accueil a débuté à 19h et @Guillaume Rongier a aidé à enregistrer les participants

Après avoir laissé les participants arriver tranquillement, nous avons officiellement lancé la soirée. Fanch Rouault a souhaité la bienvenue au nom de Fyrstain

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Il y a environ un mois, j'ai commencé à travailler sur l'utilisation du logiciel Epic on FHIR.

Création d'une paires de clés publiques-privées

mkdir /home/ec2-user/path_to_key
openssl genrsa -out ./path_to_key/privatekey.pem 2048

Pour les applications back-end, vous pouvez exporter la clé publique vers un certificat X.509 encodé en base64 intitulé publickey509.pem à l'aide de la commande ci-dessous...

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Introduction

Pour atteindre des performances optimisées en matière d'IA, une explicabilité robuste, une adaptabilité et une efficacité dans les solutions de santé, InterSystems IRIS sert de fondation centrale pour un projet au sein du cadre multi-agent x-rAI. Cet article offre une analyse approfondie de la manière dont InterSystems IRIS permet le développement d'une plateforme d'analyse de données de santé en temps réel, permettant des analyses avancées et des informations exploitables. La solution exploite les points forts d'InterSystems IRIS, notamment le SQL dynamique, les capacités natives de recherche vectorielle, la mise en cache distribuée (ECP) et l'interopérabilité FHIR. Cette approche innovante s'aligne directement sur les thèmes du concours « Utilisation du SQL dynamique et SQL intégré », « GenAI, recherche vectorielle » et « FHIR, DME », démontrant une application pratique d'InterSystems IRIS dans un contexte critique de santé.

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Introduction

Dans mon dernier article, j'ai présenté FHIR Data Explorer, une application de validation de concept qui connecte InterSystems IRIS, Python, et Ollama afin de permettre la recherche sémantique et la visualisation des données de soins de santé au format FHIR. Ce projet participe actuellement au concours InterSystems External Language Contest.

Dans cette suite, nous verrons comment j'ai intégré Ollama pour générer les résumés des dossiers médicaux directement à partir des données FHIR structurées stockées dans IRIS, à l'aide de modèles linguistiques locaux légers (LLM) tels que Llama 3.2:1B ou Gemma 2:2B.

L'objectif était de créer un pipeline d'IA entièrement local capable d'extraire, de formater et de présenter les dossiers médicaux des patients tout en garantissant la confidentialité et le contrôle total des données.

Toutes les données des patients utilisées dans cette démonstration proviennent de paquets FHIR, qui ont été analysés et chargés dans IRIS via le module IRIStool. Cette approche facilite la requête, la conversion et la vectorisation des données de soins de santé à l'aide d'opérations pandas familières en Python. Si vous désirez en savoir plus sur la manière dont j'ai construit cette intégration, consultez mon article précédent Création d'un référentiel vectoriel FHIR avec InterSystems IRIS et Python via le module IRIStool.

Les deux outils, IRIStool et FHIR Data Explorer sont disponibles sur InterSystems Open Exchange — et font partie de mes contributions au concours. Si vous les trouvez utiles, n'hésitez pas à voter pour eux!

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Article
· Avr 14 5m de lecture
Bulk FHIR, étape par étape

Les référentiels, applications et serveurs FHIR servent généralement des données cliniques en petites quantités, par exemple pour renvoyer des données sur un patient, ses médicaments, ses vaccins, ses allergies, ou d'autres renseignements. Cependant, il est courant qu'une grande quantité de données au format FHIR/JSON soit demandée pour être utilisée pour charger des Data Lakes, identifier des cohortes étudiées, la santé de la population ou transférer des données d'un DME (dossier médical électronique) à un autre.

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Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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Bonjour collègues !

Lors du développement d'une application front-end ou de toute autre communication avec l'API REST, il est souvent judicieux d'utiliser une Swagger UI, une interface de test pour l'API REST conforme à la spécification Open API 2.0. Elle est généralement très pratique, car elle permet d'effectuer des tests manuels rapides avec l'API REST, ses réponses et les données qu'elle contient.

J'ai récemment intégré la prise en charge de Swagger dans InterSystems IRIS FHIR template pour l'API FHIR R4 :

Comment le faire fonctionner.

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InterSystems IRIS for Health v2024.3 est déjà disponible en tant qu'aperçu pour les développeurs depuis un certain temps, et je voulais souligner la nouvelle prise en charge liée à la recherche FHIR qui a été introduite.

Il existe deux modificateurs dont la prise en charge a été ajoutée :

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Lorsque nous créons un référentiel FHIR dans IRIS, nous avons un point de terminaison pour accéder à l'information, créer de nouvelles ressources, etc. Mais il y a certaines ressources dans FHIR que nous n'aurons probablement pas dans notre référentiel, par exemple, la ressource Binary (cette ressource renvoie des documents, comme des PDF par exemple).

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Après avoir déployé un nouveau conteneur basé sur containers.intersystems.com/intersystems/irishealth:2023.1 cette semaine, nous avons soudainement constaté que notre dépôt FHIR affichait une erreur 500. Ce problème est dû à des violations de PROTECT sur le nouvel espace de noms et la nouvelle base de données HSSYSLOCALTEMP utilisés par cette version des composants FHIR d'IRIS for Health. Pour résoudre ce problème, ajoutez « %DB_HSSYSLOCALTEMP » aux applications Web qui gèrent les requêtes FHIR.

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Les fournisseurs de solutions numériques dans le domaine de la santé sont soumis à une pression croissante pour intégrer des systèmes complexes de données de santé tout en garantissant l'évolutivité, la sécurité et la conformité à des normes telles que HL7 FHIR. Les ressources FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) ont révolutionné l'échange de données de santé en proposant un cadre normalisé qui permet à divers systèmes informatiques de santé de communiquer sans difficulté. Mais il ne suffit pas de se conformer aux normes FHIR pour surmonter les complexités de l'intégration des données de santé. Les partenaires de solutions doivent tirer parti de composants architecturaux avancés tels que les courtiers, les façades et les référentiels FHIR pour créer des solutions évolutives et efficaces. InterSystems offre toutes les fonctionnalités essentielles dont vous avez besoin pour mettre en œuvre FHIR pour vos données de santé, que ce soit sur site, dans un cloud public ou sous forme de service cloud géré par InterSystems.

Medical Science Hospital Lab Meeting healthcare

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Lors de la création d'un bundle à partir de données héritées, je (et d'autres) souhaitais pouvoir contrôler si les ressources étaient générées avec une méthode de requête FHIR PUT plutôt qu'avec la méthode POST codée en dur. J'ai étendu les deux classes responsables de la transformation de SDA en FHIR dans une production d'interopérabilité afin de prendre en charge un paramètre permettant à l'utilisateur de contrôler la méthode de requête.

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Salut la Communauté!

Profitez de regarder la nouvelle vidéo sur la chaîne Youtube d'InterSystems France :

📺 HL7 FHIR et l’Espace Européen des Données de Santé, accélérateurs d’innovation au CHU de Toulouse

https://www.youtube.com/embed/IvyxeVT-ZuQ
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Les versions de maintenance 2025.1.2 et 2024.1.5 de la plateforme de données InterSystems IRIS, d'InterSystems IRIS for Health et d'HealthShare Health Connect sont désormais disponibles en disponibilité générale (GA). Ces versions incluent les correctifs pour plusieurs alertes et avis publiés récemment, notamment :

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Bonjour à tous,

Continuons à travailler sur la génération de données de test et l'exportation des résultats via une API REST. 😁

Ici, je souhaite réutiliser la classe `datagen.restservice` créée dans l'article précédent : « Écriture d'un service API REST pour exporter les données patient générées au format .csv ».

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Introduction

Dans mon article précédent, j'ai présenté le module IRIStool, qui intègre de manière transparente la bibliothèque pandas pour Python à la base de données IRIS. Je vais maintenant vous expliquer comment utiliser IRIStool pour exploiter InterSystems IRIS comme base pour une recherche sémantique intelligente dans les données de soins de santé au format FHIR.

Cet article décrit ce que j'ai fait pour créer une base de données pour mon autre projet, FHIR Data Explorer. Les deux projets sont candidats au concours InterSystems actuel, alors n'hésitez pas à voter pour eux si vous les trouvez utiles.

Ils sont disponibles sur Open Exchange:

Dans cet article, nous aborderons les sujets suivants:

  • Connexion à la base de données InterSystems IRIS via Python
  • Création d'un schéma de base de données compatible FHIR
  • Importation de données FHIR au moyen d'intégrations vectorielles pour la recherche sémantique

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