Nouvelle publication

#Docker

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Docker est une technologie logicielle fournissant des conteneurs, mis en place par la société Docker, Inc. Docker fournit une couche supplémentaire d'abstraction et d'automatisation de la virtualisation au niveau du système d'exploitation sur Windows et Linux.

Traitement des ressources FHIR avec FHIR SQL BUILDER pour prédire la probabilité de développer une hépatite C

Avec le développement de la technologie, l'industrie médicale progresse également constamment et les humains accordent souvent plus d'attention à leur propre santé.
En apprenant et en traitant des ensembles de données par ordinateur, les maladies peuvent être prédites.

Prérequis: Capacité à utiliser FHIR et ML

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Article
· Août 24, 2023 9m de lecture
Application Java Quarkus fonctionnant avec IRIS

À titre d'exemple d'application en Java fonctionnant avec le dialecte Hibernate pour IRIS, je souhaitais utiliser l'application RealWorld et j'ai trouvé une réalisation pour Quarkus. L'application RealWorld est un exemple d'application proche d'une application réelle, avec des tests déjà préparés pour le backend. La plupart des exemples de réalisations sont à retrouver ici

RealWorld Example App

L'exemple d'application RealWorld est souvent appelé « Wikipédia pour la création d'applications full-stack ». Il sert de prototype standardisé que les développeurs peuvent utiliser pour créer des applications à l'aide de divers langages et frameworks de programmation. L'application fournit un cas d'utilisation réel en imitant une plate-forme de blogs, avec des fonctionnalités telles que l'authentification des utilisateurs, la gestion des profils, la publication d'articles et les commentaires. Avec un ensemble complet de spécifications, y compris une documentation d'API backend prête à l'emploi et des conceptions frontend, il permet aux développeurs de voir comment les mêmes exigences fonctionnelles sont mises en œuvre dans différentes piles technologiques. L'exemple RealWorld est largement utilisé comme outil d'apprentissage et comme référence pour comparer diverses technologies.

Quarkus

Quarkus est un framework Java open source natif de Kubernetes, conçu pour GraalVM et HotSpot. Créé dans le but d'améliorer l'environnement cloud natif moderne, il réduit considérablement l'empreinte et le temps de démarrage des applications Java. Quarkus est connu pour sa philosophie « privilégiant le conteneur », permettant aux développeurs de créer des applications légères et performantes en mettant l'accent sur l'architecture des microservices. Cette flexibilité en a fait un choix populaire pour les organisations cherchant à passer à des plates-formes sans serveur ou basées sur le cloud, combinant des modèles de programmation impératifs et réactifs. Qu'il s'agisse d'une application Web traditionnelle ou d'un système complexe de microservices, Quarkus fournit une plate-forme robuste pour créer des logiciels évolutifs et maintenables.

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Docker 20.10.14 (publié le 23 mars 2022) modifie les capacités Linux accordées aux conteneurs d'une manière incompatible avec le vérificateur de capacités Linux dans les conteneurs InterSystems IRIS 2021.1 (et versions ultérieures).

Les utilisateurs exécutant Docker 20.10.14 sous Linux constateront que les conteneurs IRIS 2021.1+ ne démarreront pas et les journaux signaleront à tort que les fonctionnalités Linux requises sont manquantes. Par example :

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Introduction

Dans un article précédent, j'ai abordé les modèles d'exécution des tests unitaires via le gestionnaire de paquets ObjectScript. Cet article va un peu plus loin, en utilisant les actions GitHub pour piloter l'exécution des tests et la création de rapports. Le cas d'utilisation qui nous motive est l'exécution du CI pour l'un de mes projets Open Exchange, AppS.REST (voir l'article d'introduction à ce projet ici). Vous pouvez voir l'implémentation complète dont les extraits de cet article ont été tirés sur GitHub ; elle pourrait facilement servir de modèle pour l'exécution de l'IC pour d'autres projets utilisant le gestionnaire de paquets ObjectScript.

Les fonctionnalités dont la mise en œuvre a été démontrée comprennent :

  • Compilation et test d'un paquet ObjectScript
  • Rapport sur la mesure de la couverture des tests (en utilisant le paquet TestCoverage) via codecov.io
  • Téléchargement d'un rapport sur les résultats des tests en tant qu'artefact de comppilation.
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Aujourd'hui, la plupart des applications sont déployées sur des services de cloud public. Cela présente de nombreux avantages, notamment des économies de ressources humaines et matérielles, la possibilité de se développer rapidement et à moindre coût, une plus grande disponibilité, une plus grande fiabilité, une évolutivité élastique et des options permettant d'améliorer la protection des actifs numériques. L'une des options les plus populaires est AWS.

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Article
· Mars 16, 2022 21m de lecture
Formation Ensemble / Interoperability

Cette formation s'adresse aux débutants qui souhaitent découvrir le framework IRIS Interoperability. Nous utiliserons Docker et VSCode.

GitHub : https://github.com/grongierisc/formation-template

1. Formation Ensemble / Interoperability

Le but de cette formation est d'apprendre le cadre d'interopérabilité d'InterSystems, et en particulier l'utilisation de :
* Productions
* Messages
* Opérations commerciales
* Adaptateurs
* Processus métier
* Services commerciaux
* Services et opérations REST

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· Fév 25, 2024 3m de lecture
Le terminateur de ligne ensorcelé

Je souhaite aborder les problèmes désagréables liés à la lecture d'un texte plat en ASCII, UTF*
excluant explicitement HTML, EBCDIC, et autres encodages.
D'après Wikipediail existe au moins 8 variantes de caractères de contrôle.

  • CR+LF est typique de Windows
  • LF est typique du monde Linux/UNIX
  • CR est le préféré de Mac

Comme vous pouvez le déduire des noms, l'inspiration vient des machines à écrire mécaniques.

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Dans cet article, je vais vous montrer comment vous pouvez facilement conteneuriser les passerelles .Net/Java.

Pour notre exemple, nous allons développer une intégration avec Apache Kafka.

Et pour interopérer avec le code Java/.Net, nous utiliserons PEX.

Architecture

Notre solution fonctionnera entièrement dans docker et ressemblera à ceci :

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Salut les développeurs !

Voici encore un court message qui a pour but de simplifier la vie des développeurs. Nous allons maintenant vous expliquer comment faire en sorte que GitHub exécute des tests unitaires à chaque poussée vers le référentiel en ajoutant un seul fichier au référentiel. Gratuitement. Dans le nuage de Github. Ça a l'air génial, n'est-ce pas ?

C'est possible et très facile à faire. Le mérite revient à @Dmitry Maslennikov (et son référentiel), gestionnaire de paquets "ZPM Package Manager", et aux GitHub Actions. Voyons comment tout cela fonctionne !

Quelque chose pour rien de Robert Sheckley - YouTube

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La fonction en tant que service (FaaS) est une catégorie de services de cloud computing qui fournit une plate-forme permettant aux clients de développer, d'exécuter et de gérer des fonctionnalités d'application sans la complexité de la construction et de la maintenance de l'infrastructure généralement associée au développement et au lancement d'une application. Construire une application selon ce modèle est une façon de réaliser une architecture "sans serveur", et est généralement utilisé lors de la construction d'applications microservices.

> Wikipedia
>

FaaS est une approche extrêmement populaire pour exécuter des charges de travail dans le cloud, permettant aux développeurs de se concentrer sur l'écriture du code.

Cet article vous montrera comment déployer les méthodes d'InterSystems IRIS selon l'approche FaaS.

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Tout le monde dispose d'un environnement de test.

Certains ont la chance de disposer d'un environnement totalement séparé pour la production.

-- Inconnu

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Dans cette série d'articles, j'aimerais présenter et discuter de plusieurs approches possibles pour le développement de logiciels avec les technologies d'InterSystems et GitLab. J'aborderai des sujets tels que:

  • Git 101
  • Git flow (processus de développement)
  • Installation de GitLab
  • Flux de travail GitLab WorkFlow
  • GitLab CI/CD
  • CI/CD avec des conteneurs

Cette première partie traite de la pierre angulaire du développement logiciel moderne - le système de contrôle de version Git et divers flux Git.

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Comme la plupart d'entre vous le savent probablement déjà, depuis environ la fin de 2022 InterSystems IRIS a inclus la fonctionnalité de stockage de colonnes dans sa base de données, eh bien, dans l'article d'aujourd'hui, nous allons la mettre à l'épreuve par rapport au stockage de rangées habituel.

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Introduction

Depuis qu'InterSystems a récemment annoncé l'arrêt du support d'InterSystems Studio à partir de la version 2023.2 au profit du développement exclusif d'extensions pour l'IDE Visual Studio Code (VSC), estimant que ce dernier offre une expérience supérieure par rapport à Studio, beaucoup d'entre nous, développeurs, avons changé ou commencé à utiliser VSC. Beaucoup se sont peut-être demandé comment ouvrir le Terminal pour effectuer des opérations, car VSC n'a pas de panneau de sortie comme Studio, ni de fonctionnalité intégrée pour ouvrir le terminal IRIS, sauf en téléchargeant les plugins développés par InterSystems.

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InterSystems officiel
· Août 16, 2023
Modifications à venir du conteneur InterSystems

Lorsque IRIS 2023.2 atteindra la disponibilité générale, nous apporterons quelques améliorations à la façon dont nous étiquetons et distribuons les conteneurs IRIS et IRIS for Health.

Les conteneurs IRIS ont été étiquetés en utilisant le format du numéro de build complet, par exemple 2023.1.0.235.1. Les clients ont demandé des balises plus stables, afin qu'ils n'aient pas besoin de modifier leurs fichiers dockerfiles/Kubernetes à chaque nouvelle version. Dans cet esprit, nous apportons les modifications suivantes à la façon dont nous étiquetons les images de conteneurs.

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Le sous-système Windows pour Linux (WSL) est une fonctionnalité de Windows qui vous permet d'exécuter un environnement Linux sur votre ordinateur Windows, sans avoir besoin d'une machine virtuelle distincte ni d'un double démarrage.

WSL est conçu pour offrir une expérience transparente et productive aux développeurs qui souhaitent utiliser à la fois Windows et Linux**.

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Il y a environ un mois, j'ai commencé à travailler sur l'utilisation du logiciel Epic on FHIR.

Création d'une paires de clés publiques-privées

mkdir /home/ec2-user/path_to_key
openssl genrsa -out ./path_to_key/privatekey.pem 2048

Pour les applications back-end, vous pouvez exporter la clé publique vers un certificat X.509 encodé en base64 intitulé publickey509.pem à l'aide de la commande ci-dessous...

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· Août 21, 2023 13m de lecture
Prédictions avec IntegratedML et IRIS

Si vous lisez régulièrement les articles publiés dans la Communauté, vous savez qu'en mai de l'année dernière, InterSystems a organisé le JOnTheBeach2023 Hackathon qui s'est tenu à Malaga (Espagne). Le sujet proposé était l'utilisation des outils d'analyse prédictive qu'InterSystems IRIS met à la disposition de tous les développeurs avec IntegratedML.

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InterSystems prend en charge l'utilisation des images InterSystems IRIS Docker qu'il fournit sous Linux uniquement. Plutôt que d'exécuter des conteneurs en tant que processus natifs, comme sur les plateformes Linux, Docker pour Windows crée une VM Linux fonctionnant sous Hyper-V, le virtualiseur Windows, pour héberger les conteneurs. Ces couches supplémentaires ajoutent une complexité qui empêche InterSystems de prendre en charge Docker pour Windows pour le moment.

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Article
· Jan 13 1m de lecture
Quelle est la version de mon image ?

Si vous souhaitez savoir quelle est la version exacte de votre image Docker (et depuis le dernier schéma de balisage d'image, vous ne pouvez pas simplement vous fier à la balise d'image ; et en supposant que vous ne souhaitiez pas l'exécuter réellement juste pour le savoir), vous pouvez exécuter cette commande docker :

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Bonjour, chers collègues développeurs d'InterSystems IRIS !

On me demande souvent, notamment en ce qui concerne les bonus techniques que nous encourageons pour chaque concours Open Exchange, pourquoi nous donnons constamment des bonus pour les tests de qualité Docker, IPM et ObjectScript.

En fait, il est très facile de répondre à cette question.

7 Life Hacks Guaranteed To Make Your Life Easier - everymum

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Lorsque nous démarrons le développement avec IRIS, nous disposons d'un kit de distribution ou, dans le cas de Docker, nous extrayons l'image Docker, puis nous devons souvent l'initialiser et configurer l'environnement de développement. Nous devrons peut-être créer des bases de données, des espaces de noms, activer/désactiver certains services, créer des ressources. Nous devons souvent importer du code et des données dans l'instance IRIS et exécuter du code personnalisé pour lancer la solution.

Il existe de nombreux modèles sur Open Exchange dans lesquels nous suggérons comment initialiser REST, l'interopérabilité, l'analytics, le développement Fullstack et bien d'autres modèles utilisant ObjectScript. Mais qu'en est-il si nous souhaitons utiliser uniquement Python pour configurer l'environnement de développement d'un projet Embedded Python avec IRIS ?

De fait, la récente sortie de Embedded Python template est devenu le passe-partout du pur Python qui pourrait être un point de départ pour les développeurs qui créent des projets Python sans avoir besoin d'utiliser et d'apprendre ObjectScript. Cet article explique comment ce modèle pourrait être utilisé pour initialiser IRIS. C'est parti!

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· Jan 30, 2024 5m de lecture
Container - Qu'est-ce qu'une image Docker?

Qu'est-ce qu'une image Docker?

Dans ce deuxième article sur les principes fondamentaux des conteneurs, nous examinons ce que sont les images de conteneurs.

Une image Docker est simplement une représentation binaire d'un conteneur.

Un conteneur en cours d'exécution ou simplement un conteneur est l'état d'exécution de l'image du conteneur associée.

Pour plus d'information, n'hésitez pas à lire l'article qui explique ce qu'est un conteneur.

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· Fév 16, 2024 2m de lecture
Créer une image IRIS avec merge.cpf

Lorsqu'il s'agit de créer une image d'IRIS, nous pouvons utiliser les fichiers merge.cpf.

Voici un exemple de merge.cpf :

[Actions]
CreateDatabase:Name=IRISAPP_DATA,Directory=/usr/irissys/mgr/IRISAPP_DATA

CreateDatabase:Name=IRISAPP_CODE,Directory=/usr/irissys/mgr/IRISAPP_CODE

CreateNamespace:Name=IRISAPP,Globals=IRISAPP_DATA,Routines=IRISAPP_CODE,Interop=1

ModifyService:Name=%Service_CallIn,Enabled=1,AutheEnabled=48

CreateApplication:Name=/frn,NameSpace=IRISAPP,DispatchClass=Formation.REST.Dispatch,AutheEnabled=48

ModifyUser:Name=SuperUser,PasswordHash=a31d24aecc0bfe560a7e45bd913ad27c667dc25a75cbfd358c451bb595b6bd52bd25c82cafaa23ca1dd30b3b4947d12d3bb0ffb2a717df29912b743a281f97c1,0a4c463a2fa1e7542b61aa48800091ab688eb0a14bebf536638f411f5454c9343b9aa6402b4694f0a89b624407a5f43f0a38fc35216bb18aab7dc41ef9f056b1,10000,SHA512
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Je vais vous montrer comment vous pouvez installer très rapidement sur votre ordinateur un cluster de nœuds InterSystems IRIS en sharding. Dans cet article, mon objectif n'est pas de parler du sharding en détail, ni de définir une architecture de déploiement pour un cas réel, mais de vous montrer comment vous pouvez rapidement installer sur votre machine un cluster d'instances d'IRIS en sharding avec lequel vous pouvez jouer et faire des tests. Si vous souhaitez en savoir plus sur le sharding dans IRIS, vous pouvez consulter la documentation en cliquant ici: clicking here.  

Disons dès le départ que la technologie de sharding d'IRIS va nous permettre de faire deux choses:

  • Définir, charger et consulter des tables fragmentées ou des shards, dont les données seront réparties de manière transparente entre les nœuds du cluster
  • Définir  des tables fédérées, qui offrent une vue globale et composite des données appartenant à des tables différentes et qui, physiquement, sont stockées sur différents nœuds distribués

Donc, comme je l'ai dit, nous laissons le sujet du jeu avec des shards ou des tableaux fédérés pour d'autres articles, et nous nous concentrons maintenant sur l'étape précédente, c'est-à-dire sur la mise en place du cluster de nœuds en sharding.

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· Sept 8, 2023 6m de lecture
Gardez vos images iris docker en forme ;)

iris-docker-multi-stage-script

Un script python pour garder vos images docker iris en forme ;)

Sans changer votre dockerfile ou votre code vous pouvez réduire la taille de votre image de 50% ou plus !

TL;DR

Nommez l'image de constructeur builder et l'image finale final et ajoutez ceci à la fin de votre fichier Dockerfile :

Modifiez votre fichier Dockerfile pour utiliser une construction multi-étapes :

ARG IMAGE=intersystemsdc/irishealth-community:latest
FROM $IMAGE as builder

Ajoutez ceci à la fin de votre fichier Dockerfile:

FROM $IMAGE as final

ADD --chown=${ISC_PACKAGE_MGRUSER}:${ISC_PACKAGE_IRISGROUP} https://github.com/grongierisc/iris-docker-multi-stage-script/releases/latest/download/copy-data.py /irisdev/app/copy-data.py

RUN --mount=type=bind,source=/,target=/builder/root,from=builder \
    cp -f /builder/root/usr/irissys/iris.cpf /usr/irissys/iris.cpf && \
    python3 /irisdev/app/copy-data.py -c /usr/irissys/iris.cpf -d /builder/root/

Boum ! Vous avez terminé !

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Qui n'a jamais développé un bel exemple avec une image IRIS Docker et vu la génération de l'image échouer dans le Dockerfile parce que la licence sous laquelle l'image a été créée ne comportait pas certains privilèges ?

Dans mon cas, je déployais dans Docker une petite application utilisant le type de données Vector. Avec la version Community, ce n'est pas un problème, car elle inclut déjà la recherche et le stockage vectoriels. Cependant, lorsque j'ai remplacé l'image IRIS par une image IRIS classique (latest-cd), j'ai constaté que la compilation de l'image, y compris des classes générées, renvoyait l'erreur suivante :

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J'ai récemment eu besoin de surveiller depuis HealthConnect les enregistrements présents dans une base de données NoSQL dans le Cloud, plus précisément Cloud Firestore, déployé dans Firebase. D'un coup d'œil rapide, j'ai pu voir à quel point il serait facile de créer un adaptateur ad-hoc pour établir la connexion en tirant parti des capacités d'Embedded Python, et je me suis donc mis au travail.

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Je sais que ceux qui découvrent VS Code, Git, Docker, FHIR et d'autres outils peuvent parfois avoir des difficultés à configurer l'environnement. J'ai donc décidé de rédiger un article qui explique étape par étape l'ensemble du processus de configuration afin de faciliter les premiers pas.

Je vous serais très reconnaissant de bien vouloir laisser un commentaire à la fin de cet article pour me faire savoir si les instructions étaient claires, s'il manquait quelque chose ou si vous avez d'autres suggestions qui pourraient être utiles.

La configuration comprend:

✅ VS Code – Éditeur de code
✅ Git – Système de contrôle de version
✅ Docker – Lancement d'une instance de la communauté IRIS for Health
✅ Extension VS Code REST Client – Pour l'exécution de requêtes API FHIR
✅ Python – Pour l'écriture de scripts basés sur FHIR
✅ Jupyter Notebooks – Pour les tâches liées à l'IA et au FHIR

Avant de commencer: Vérifiez que vous disposiez des privilèges d'administrateur sur votre système.

Outre la lecture du guide, vous pouvez également suivre les étapes décrites dans les vidéos:

Pour Windows

https://www.youtube.com/embed/IyvuHbxCwCY
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