Keywords: IRIS, IntegratedML, Flask, FastAPI, Tensorflow servant, HAProxy, Docker, Covid-19

Objective:

Nous avons abordé quelques démonstrations rapides d'apprentissage profond et d'apprentissage automatique au cours des derniers mois, notamment un simple classificateur d'images radiographiques Covid-19 et un classificateur de résultats de laboratoire Covid-19 pour les admissions possibles en soins intensifs. Nous avons également évoqué une implémentation de démonstration IntegratedML du classificateur ICU. Alors que la randonnée de la "science des données" se poursuit, le moment est peut-être venu d'essayer de déployer des services d'IA du point de vue de "l'ingénierie des données" - pourrions-nous regrouper tout ce que nous avons abordé jusqu'à présent dans un ensemble d'API de services ? Quels sont les outils, les composants et l'infrastructure communs que nous pourrions exploiter pour réaliser une telle pile de services dans son approche la plus simple possible ?

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Introduction

Dans un article précédent, j'ai abordé les modèles d'exécution des tests unitaires via le gestionnaire de paquets ObjectScript. Cet article va un peu plus loin, en utilisant les actions GitHub pour piloter l'exécution des tests et la création de rapports. Le cas d'utilisation qui nous motive est l'exécution du CI pour l'un de mes projets Open Exchange, AppS.REST (voir l'article d'introduction à ce projet ici). Vous pouvez voir l'implémentation complète dont les extraits de cet article ont été tirés sur GitHub ; elle pourrait facilement servir de modèle pour l'exécution de l'IC pour d'autres projets utilisant le gestionnaire de paquets ObjectScript.

Les fonctionnalités dont la mise en œuvre a été démontrée comprennent :

  • Compilation et test d'un paquet ObjectScript
  • Rapport sur la mesure de la couverture des tests (en utilisant le paquet TestCoverage) via codecov.io
  • Téléchargement d'un rapport sur les résultats des tests en tant qu'artefact de comppilation.
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Article
· Fév 14, 2023 4m de lecture
Dans quels cas utiliser le stockage en colonne

Avec InterSystems IRIS 2022.2, nous avons introduit le stockage en colonne comme une nouvelle option pour la persistance de vos tables IRIS SQL qui peut booster vos requêtes analytiques d'un ordre de grandeur. La capacité est marquée comme expérimentale dans les versions 2022.2 et 2022.3, mais passera à une capacité de production entièrement prise en charge dans la prochaine version 2023.1.

La documentation du produit et cette vidéo d'introduction, décrivent déjà les différences entre le stockage en ligne, toujours la valeur par défaut sur IRIS et utilisé dans l'ensemble de notre clientèle, et le stockage en table en colonnes et fournissent des conseils de haut niveau sur le choix de la disposition de stockage appropriée pour votre cas d'utilisation. Dans cet article, nous développerons ce sujet et partagerons quelques recommandations basées sur les principes de modélisation des pratiques de l'industrie, les tests internes et les commentaires des participants au Early Access Program.

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La fonction en tant que service (FaaS) est une catégorie de services de cloud computing qui fournit une plate-forme permettant aux clients de développer, d'exécuter et de gérer des fonctionnalités d'application sans la complexité de la construction et de la maintenance de l'infrastructure généralement associée au développement et au lancement d'une application. Construire une application selon ce modèle est une façon de réaliser une architecture "sans serveur", et est généralement utilisé lors de la construction d'applications microservices.

> Wikipedia
>

FaaS est une approche extrêmement populaire pour exécuter des charges de travail dans le cloud, permettant aux développeurs de se concentrer sur l'écriture du code.

Cet article vous montrera comment déployer les méthodes d'InterSystems IRIS selon l'approche FaaS.

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Salut les développeurs !

Voici encore un court message qui a pour but de simplifier la vie des développeurs. Nous allons maintenant vous expliquer comment faire en sorte que GitHub exécute des tests unitaires à chaque poussée vers le référentiel en ajoutant un seul fichier au référentiel. Gratuitement. Dans le nuage de Github. Ça a l'air génial, n'est-ce pas ?

C'est possible et très facile à faire. Le mérite revient à @Dmitry Maslennikov (et son référentiel), gestionnaire de paquets "ZPM Package Manager", et aux GitHub Actions. Voyons comment tout cela fonctionne !

Quelque chose pour rien de Robert Sheckley - YouTube

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Visual Studio Code (VSCode) est l'éditeur de code le plus populaire du marché. Il a été créé par Microsoft et distribué en tant qu'IDE gratuit. VSCode supporte des dizaines de langages de programmation, y compris ObjectScript, Until 2018, Atelier (basé sur Eclipse). Il était considéré comme l'une des principales options pour développer les produits InterSystems.

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Article
· Fév 3, 2023 2m de lecture
VSCode-ObjectScript sur GitHub

Il n'y a pas si longtemps, GitHub a introduit la possibilité d'exécuter très rapidement VSCode dans le navigateur pour tout dépôt hébergé ici. Appuyez sur la touche . sur n'importe quel dépôt ou pull request, ou remplacez .com par .dev dans l'URL, pour aller directement à un environnement VS Code dans votre navigateur.

github dev

Ce VSCode est une version légère de la version Desktop mais fonctionne entièrement dans le Browser. Et en raison de cela, il a une limitation pour les extensions qui ont été autorisés à fonctionner de cette façon. Permettez-moi de vous présenter la nouvelle version 1.2.1 de l'extension VSCode-ObjectScript qui prend désormais en charge le fonctionnement en mode Browser.

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Article
· Fév 1, 2023 3m de lecture
Addition de VSCode dans votre conteneur IRIS

Ajout de VSCode dans votre conteneur IRIS

L'une des façons les plus simples de mettre en place des environnements de développement reproductibles est de créer des conteneurs pour ces environnements. Je trouve que lors d'itérations rapides, il est très pratique d'héberger une instance de vscode dans mon conteneur de développement. Ainsi, j'ai créé un rapide script de conteneur pour ajouter un vscode basé sur un navigateur dans un conteneur IRIS. Cela devrait fonctionner pour la plupart des conteneurs 2021.1+. Mon référentiel de code est disponible ici

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Article
· Jan 30, 2023 9m de lecture
Forum des ROIS de la Supply Chain 2023

Forum des ROIS de la Supply Chain 2023

16ème Forum des Rois de la Supply Chain 2022 , jeudi 17 mars 2022 ...

Présentation des 8 projets en compétition

Sur la journée, les grandes thématiques abordées :
1- Un environnement de plus en plus complexe, nécessite de faire appel aux nouvelles techno pour une SC toujours plus performante, ex. tour de control pour une meilleure visibilité, IA pour de meilleurs forecasts
2- Économie circulaire => future révolution qui met la Supply Chain au cœur du modèle
3- Décarbonation => une nécessité absolue mais les solutions ne sont pas encore complément mâtures. Du chemin encore à parcourir …
4- Logistique urbaine => enjeu fort du à l’explosion du e-commerce et enjeu Green
5- Attractivité des métiers : La robotisation, cyclo-logistique, les technologies au service de l’humain

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Bonjour la communauté,

Certains d'entre vous ont réussi la certification officielle d'InterSystems et aimeraient obtenir une jolie coche verte sur l'avatar de leur profil et tous vos certificats dans votre profil DC afin que les autres sachent que vous savez... vous savez ce que nous voulons dire

Ainsi, pour ajouter une certification à votre profil DC, vous devez suivre trois étapes simples :

1️⃣ Accédez à votre profil DC

2️⃣ Accédez à la section InterSystems certifications

3️⃣ Cliquez sur le bouton Charger mes certifications

et c'est tout !

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Article
· Jan 23, 2023 1m de lecture
EDS - Exploitation des données de santé

Pourquoi exploiter les données de santé ?

Normalisation des données de santé

Pourquoi exploiter les données de santé ?Un entrepôt bien construit permettra une exploitation efficace des données et tiendra ses promesses !

Avoir accès à la bonne donnée (fraiche et de qualité) au bon moment (en temps réel) pour prendre la bonne décision est un enjeu majeur pour notre système de santé.

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Article
· Jan 20, 2023 12m de lecture
Création de questionnaires FHIR

Intersystems IRIS for Health offre un excellent support pour la norme sectorielle FHIR. Les principales caractéristiques sont :
1. Serveur FHIR
2. Base de données FHIR
3. API REST et ObjectScript pour les opérations CRUD sur les ressources FHIR (patient, questionnaire, vaccins, etc.)

Cet article explique comment utiliser chacune de ces fonctionnalités, et présente un front-end angulaire permettant de créer et d'afficher des ressources FHIR de type Quiz.

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Bonjour aux développeurs d'InterSystems !

Récemment, j'ai mis à jour le modèle FHIR dev template afin qu'il publie maintenant un paquet IPM fhir-server permettant de faire de la configuration du serveur FHIR d'InterSystems une procédure manuelle, automatique ou programmatique triviale d'une seule commande.

Découvrez ci-dessous comment vous pouvez en bénéficier.

TLDR

USER>zpm "install fhir-server"

Tous les détails ci-dessous.

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Article
· Jan 16, 2023 2m de lecture
EDS - Stockage des données de santé

Comment stocker efficacement les données de santé ?

Normalisation des données de santé

De nombreuses organisations « déchantent » des Data Lakes dans lesquels les données sont stockées massivement sans avoir été préalablement normalisées. Trop de données « non propres » rendent ces Data Lakes inexploitables. Les organisations reviennent alors aux fondamentaux que sont la capture, la normalisation, le stockage et l’exploitation pour la mise en œuvre de Data Fabrics.

Il existe 3 modèles de stockage des données :

  • Adhoc - modèles propriétaires
  • FHIR « friendly » – stockage selon la norme FHIR
  • OMOP et I2B2 – modèles universitaires orientés recherches cliniques

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· Jan 13, 2023 5m de lecture
Stockage en colonne en 2022.3

Comme vous vous en souvenez peut-être du Global Summit 2022 ou du webinaire de lancement 2022.2, nous lançons une nouvelle fonctionnalité passionnante à inclure dans vos solutions d'analyse sur InterSystems IRIS. Le stockage en colonnes introduit une autre façon de stocker vos données de table SQL qui offre une accélération d'ordre de grandeur pour les requêtes analytiques. Publié pour la première fois en tant que fonctionnalité expérimentale en 2022.2, le dernier Developer Preview 2022.3 comprend un tas de mises à jour qui, selon nous, valaient la peine d'être publiées ici.

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Voulez-vous être sûr que vos transformations de données fonctionnent comme prévu avec une seule commande ? Et que diriez-vous d'écrire des tests unitaires pour vos transformations de données de manière simple et rapide ?

Les transformations de données sont généralement très présentes lorsqu'on parle d'interopérabilité. Ces transformations de données sont utilisées pour convertir les données entre différents systèmes ou applications dans votre code, et elles ont donc un rôle très important à jouer.

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· Jan 9, 2023 109m de lecture
Nouvelles extensions SDA de HealthShare

Création et utilisation des nouvelles extensions SDA pour le stockage d'éléments de données personnalisés

Dans HSCore 15.01, il existe une nouvelle façon de stocker les éléments de données personnalisés. HealthShare peut désormais utiliser des extensions personnalisées pour de nombreux éléments SDA.

Cet article a pour but de :

  1. Montrer comment configurer votre système pour utiliser les extensions SDA.
  2. Créer une nouvelle propriété d'extension SDA
  3. Utiliser la nouvelle propriété d'extension SDA dans les transactions HL7
  4. Interagir avec les nouvelles données
  5. Montrer la nouvelle extension SDA utilisée dans une personnalisation du Rapport de résumé du patient (Patient Summary Report).
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Les systèmes EHR (Electronic Health Record) sont modélisés dans un format/structure propriétaire et ne sont pas basés sur des modèles du marché tels que FHIR ou HL7. Certains de ces systèmes peuvent interopérer des données dans un format propriétaire pour FHIR et d'autres modèles de marché, mais pas tous. InterSystems dispose de deux plateformes capables d'interopérer des formats propriétaires pour ceux du marché : InterSystems HealthShare Connect et InterSystems IRIS for Health. La fonctionnalité de transformation (DTL - Data Transformation Language) de ces plateformes peut recevoir des données dans n'importe quel format, structure ou canal de communication (CSV, JSON, XML, et autres via FTP, File, HTTP, etc.) et les transformer directement en formats du marché (FHIR, CDA, HL7, etc.). Cependant, InterSystems dispose d'un format intermédiaire appelé SDA (Summary Document Architecture) qui est utilisé par ces plateformes pour générer sans effort des FHIR STU, R3, R4, HL7v2, HL7v3, etc. En outre, lorsqu'elles sont au format SDA, les données de santé peuvent être conservées dans le RCU HealthShare. Ainsi, le format propriétaire/personnel est d'abord transformé en SDA, puis les données peuvent être automatiquement converties dans n'importe quel format du marché, ainsi que sauvegardées dans HealthShare. Dans cet article, nous allons vous montrer comment transformer des données propriétaires/personnalisées en SDA à l'aide d'IRIS for Health. L'exemple de données que nous avons utilisé a été généré par le projet de génération de données en masse SYNTHEA (https://synthea.mitre.org/downloads). Nous allons convertir 1000 patients d'un fichier CSV en SDA, en utilisant les fonctions d'interopérabilité d'IRIS for Health.

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InterSystems officiel
· Déc 30, 2022 2m de lecture
Comment s'inscrire à un Early Access Program (EAP)?

Early Access Program (EAP) est un moyen de fournir rapidement des fonctionnalités spécifiques à un groupe de personnes qui testeront et fourniront des commentaires sur cette fonctionnalité.

InterSystems a publié différentes versions (ou parties) de logiciels au cours des dernières années et amélioré les fonctionnalités avant leur sortie. Quelques exemples jusqu'ici : Columnar Storage, Python intégré, FHIRSQL et d'autres.

Mais l'une des caractéristiques de l'EAP est qu'il ne sont peut-être pas accessibles à tous. Vous devez vous inscrire au programme.

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Salut les Devs !

Pour moi, l'une des choses les plus pénibles à propos d'ObjectScript est de taper ##class(Class).Method() pour appeler une méthode de classe dans le code ou dans un terminal. J'ai même soumis une idée pour le simplifier en ObjectScript.

Mais! Il y a une nouvelle fonctionnalité dans VSCode ObjectScript qui vient d'être introduite dans le plugin - Copy Invocation !

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Cet article décrit et contient un exemple de la manière d'intégrer un fichier PDF externe dans un segment HL7, plus précisément dans ADT_A01:2.3.1 OBX(). Cela peut être utile lorsqu'on tente de mettre des images ou d'autres données externes dans un message HL7. Dans cet exemple, le nom du fichier PDF à intégrer est fourni dans le message HL7 entrant dans le champ OBX(1):ObservationValue.


Les stipulations de base de cet exemple sont les suivantes :

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EnsLib.HL7.Message.cls fournit de nombreuses méthodes API pour manipuler un message HL7. RemoveSegmentAt(), par exemple, peut être utilisé pour supprimer un segment par chemin ou par index, mais pas plus d'un segment à la fois. Il peut arriver que vous ayez besoin de supprimer tous les segments d'un groupe ou même de nombreux groupes de segments du message HL7. Bien sûr, vous pouvez itérer à travers chaque segment dans chaque groupe et les supprimer un par un, mais il y a un moyen beaucoup plus facile.

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Au fil des ans, je me suis souvent retrouvé dans la nécessité de créer plusieurs messages HL7 à partir d'un seul message entrant. Il s'agit généralement d'une commande ou d'un résultat provenant d'un laboratoire. Chaque fois que j'ai abordé ce problème, j'ai essayé de repartir de zéro en pensant que la tentative précédente aurait pu être mieux faite.

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Article
· Déc 13, 2022 1m de lecture
EDS - Normalisation des données de santé

Entrepôt de Données de Santé

Pourquoi normaliser les données ?

Normalisation des données de santé

La normalisation des données au sein d’un EDS est fondamentale pour en assurer une bonne exploitation.

Les données capturées de différentes sources et dans différents formats doivent être saines avant d’être stockées c’est à dire unifiées, nettoyées et prêtes à être exploitées.

Les grandes étapes de normalisation des données sont :

  • Agrégation
  • Rapprochement
  • Déduplication
  • Alignement terminologique

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Summary

Il existe encore des systèmes dans le secteur de la santé qui utilisent PB9, Delphi7 et d'autres langages. Pour accélérer le processus de développement et permettre aux applications tierces d'invoquer built-in le service web HL7 V2 intégré fourni par Ensemble ou IRIS, nous présentons ici plusieurs exemples d'invocations de l'interface SOAP HL7 V2 d'Ensemble en utilisant Java, PB9 et Delphi7.

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Article
· Déc 10, 2022 2m de lecture
Accéder à la documentation dans Studio

Comme vous l'avez probablement remarqué, la documentation en ligne de produits a énormément progressé ces dernières années. Parmi les nombreuses améliorations sous le capot, la documentation est devenue plus facile à lire et à naviguer. Et nous avons maintenant un puissant moteur de recherche qui vous permet d'accéder à ce dont vous avez besoin avec plus de précision que nous ne pourrions jamais le faire avec l'ancien système de documentation. Alors que la plupart d'entre vous n'ont probablement eu que des impacts positifs sur vos flux de travail, j'ai remarqué que certains d'entre vous ont

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Une production simple qui permet de charger des paquets de transactions FHIR dans le serveur FHIR® d'InterSystems® via Box et Dropbox.&nbsp ; En utilisant les composants de connexion MFT inclus et un processus personnalisé Custom Business Process de 14 lignes, cette production traitera vos paquets de transactions vers les ressources FHIR pour une consommation immédiate à la manière magique digne d'Harry Potter. Idéal pour les Hackathons, la recherche et les cocktails FHIR®.

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