Création dynamique d'un message HL7 à partir d'IRIS Embedded Python

Cet article a été écrit en réponse à un message de la communauté qui demandait si Python pouvait créer des messages HL7 de manière dynamique.

Conditions préalables et configuration

Utilisez un espace de noms compatible avec l'intégration.
Remarque : l'espace de noms USER n'est pas activé pour l'interopérabilité par défaut.
Si nécessaire, créez un nouvel espace de noms interopérable afin d'explorer les fonctionnalités.

# Passage à
ZN "[Espace de nom pour l'interopérabilité]"

# Lancement d'un shell interactif Python :
Exécuter $SYSTEM.Python.Shell()

Début du script

#Chargement des dépendances

import datetime as dt
import uuid

# L'heure actuelle du cache est exprimée au format AAAAMMJJHHMMss.
hl7_datetime_now=dt.datetime.now().strftime('%Y%m%d%H%M%S')

# Création d'un message HL7
hl7=iris.cls("EnsLib.HL7.Message")._New()

# Définition du type de document
# 2.5.1:ORU_R01 - Envoi non sollicité d'un message d'observation
hl7.PokeDocType("2.5.1:ORU_R01")

Les structures de ces messages sont accessibles à partir du portail de gestion

Création du MSH (segment d'en-tête de message)

// Segment MSH
hl7.SetValueAt('OutApp','MSH:SendingApplication')
hl7.SetValueAt('OutFac','MSH:SendingFacility')
hl7.SetValueAt('InApp','MSH:ReceivingApplication')
hl7.SetValueAt('InFac','MSH:ReceivingFacility')
hl7.SetValueAt(hl7_datetime_now,'MSH:DateTimeOfMessage')
hl7.SetValueAt('ORU','MSH:MessageType.MessageCode')
hl7.SetValueAt('R01','MSH:MessageType.TriggerEvent')
hl7.SetValueAt('ORU_R01','MSH:MessageType.MessageStructure')
hl7.SetValueAt(str(uuid.uuid4()),'MSH:MessageControlID')
hl7.SetValueAt('2.5.1','MSH:ProcessingID')

Fonction d'échappement et d'annulation ("Escape" ou "Unescape")

Les documents HL7 sont structurés en segments
Chaque segment est divisé en Éléments par un délimiteur ("|") et en Éléments répétitifs ("~").
Un élément comporte un délimiteur "^" et un sous-délimiteur "&".
Lorsque le délimiteur apparaît en tant que contenu textuel, il est échappé par "\" et d'autres caractères qui remplacent les délimiteurs.
Le caractère "&" est souvent problématique, car il peut apparaître fréquemment dans les messages et entraîner une troncature lors de la lecture par le système de réception.
Un segment HL7 dispose d'une méthode intégrée pour échapper le contenu en fonction des délimiteurs choisis pour un message.
Un modèle commun est d'obtenir une référence au premier segment

# Exécution de cette ligne; la variable "msh" sera utilisée ultérieurement.
> msh=hl7.GetSegmentAt(1)

Ensuite, on peut appeler Escape (échappement) par exemple avec la chaîne brute de Python :

> msh.Escape(r"a&b~c^d")
'a\\T\\b\\R\\c\\S\\d'

Le segment peut également être utilisé pour annuler la fonction Unescape, par exemple :

> msh.Unescape('a\\T\\b\\R\\c\\S\\d')
'a&b~c^d'

Ainsi, lors de la définition d'un contenu qui devrait comporter des caractères de délimitation, ces caractères peuvent être échappés pour le message

hl7.SetValueAt(msh.Escape(r"a&b~c^d"),'MSH:ReceivingFacility')

Lors de la récupération du contenu, il est possible d'annuler l'echappement

msh.Unescape(hl7.GetValueAt('MSH:ReceivingFacility'))

Pour cet exemple, il suffit de rétablir la valeur précédente de msh.

hl7.SetValueAt('InFac','MSH:ReceivingFacility')

Pour la revérification du segment existant :

> hl7.GetValueAt('MSH')
'MSH|^~\\&|OutApp|OutFac|InApp|InFac|20230610100040||ORU^R01^ORU_R01|2dfab415-51aa-4c75-a7e7-a63aedfb53cc|2.5.1'

Segment démographique (PID)

# Préfixe du chemin virtuel pour l'identifiant PID
seg='PIDgrpgrp(1).PIDgrp.PID:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDPID')
hl7.SetValueAt('12345',seg+'PatientIdentifierList(1).IDNumber')
hl7.SetValueAt('MRN',seg+'PatientIdentifierList(1).AssigningAuthority')
hl7.SetValueAt('MR',seg+'PatientIdentifierList(1).IdentifierTypeCode')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Redfield'), seg+'PatientName(1).FamilyName')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Claire') ,seg+'PatientName(1).GivenName')
hl7.SetValueAt('19640101',seg+'DateTimeofBirth')
hl7.SetValueAt('F',seg+'AdministrativeSex')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Umbrella Corporation') ,seg+'PatientAddress.StreetAddress')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Umbrella Drive') ,seg+'PatientAddress.OtherDesignation')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Raccoon City') ,seg+'PatientAddress.City')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('MO') ,seg+'PatientAddress.StateorProvince')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('63117') ,seg+'PatientAddress.ZiporPostalCode')

Revérification du contenu du segment PID

> hl7.GetValueAt(seg[0:-1])
'PID|1||12345^^^MRN^MR||Redfield^Claire||19640101|F|||Umbrella Corporation^Umbrella Drive^Raccoon City^MO^63117'

Segment de contrôle d'ordre

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).ORC:'
hl7.SetValueAt('RE',seg+'OrderControl')
hl7.SetValueAt('10003681',seg+'PlacerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('99001725',seg+'FillerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('AG104',seg+'OrderingProvider')
hl7.SetValueAt('L43',seg+'EnterersLocation')

Revérification du contenu des segments ORC (segments de contrôle d'ordre)

> hl7.GetValueAt(seg[0:-1])
'ORC|RE|10003681|99001725|||||||||AG104|L43'

Demande d'observation

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBR:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDOBR')
hl7.SetValueAt('10003681',seg+'PlacerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('99001725',seg+'FillerOrderNumber')
hl7.SetValueAt('20210428100729',seg+'ResultsRptStatusChngDateTime')
hl7.SetValueAt('F',seg+'ResultStatus')
hl7.SetValueAt('U',seg+'QuantityTiming.Priority')

Observation OBX/Résultat

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBXgrp(1).OBX:'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDOBX')
hl7.SetValueAt('TX',seg+'ValueType')
hl7.SetValueAt('V8132',seg+'ObservationIdentifier.Identifier')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('G-Virus') , seg+'ObservationIdentifier.Identifier')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('17.8 log10') ,seg+'ObservationValue')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('RNA copies/mL') ,seg+'Units')
hl7.SetValueAt('F',seg+'ObservationResultStatus')
hl7.SetValueAt('20210428100729',seg+'DateTimeoftheObservation')
hl7.SetValueAt('AG001',seg+'ResponsibleObserver.IDNumber')
hl7.SetValueAt('Birkin',seg+'ResponsibleObserver.FamilyName')
hl7.SetValueAt('William',seg+'ResponsibleObserver.GivenName')
hl7.SetValueAt('AG001',seg+'ResponsibleObserver.IDNumber')
hl7.SetValueAt('UXL43',seg+'EquipmentInstanceIdentifier')

NTE - Remarques et commentaires

seg='PIDgrpgrp(1).ORCgrp(1).OBXgrp(1).NTE(1):'
hl7.SetValueAt('1',seg+'SetIDNTE')
hl7.SetValueAt(msh.Escape('Expected late onset Hyphema. Contain but do not approach.') ,seg+'Comment')

Affichage du message complet sur le terminal

> print(hl7.OutputToString())

MSH|^~\&|OutApp|OutFac|InApp|InFac|20230610141201||ORU^R01^ORU_R01|2dfab415-51aa-4c75-a7e7-a63aedfb53cc|2.5.1
PID|1||12345^^^MRN^MR||Redfield^Claire||19640101|F|||Umbrella Corporation^Umbrella Drive^Raccoon City^MO^63117
ORC|RE|10003681|99001725|||||||||AG104|L43
OBR|1|10003681|99001725|||||||||||||||||||20210428100729|||F||^^^^^U
OBX|1|TX|G-Virus||17.8 log10|RNA copies/mL|||||F|||20210428100729||AG001^Birkin^William||UXL43
NTE|1||Expected late onset Hyphema. Contain but do not approach.

Pièges

Si le contenu d'un élément comporte une valeur telle que "8@%SYS.Python", il est probable que la valeur "string" ou la propriété "string" ait été demandée à la place.

Par exemple, uuid a été enveloppé par "str" dans la structure de MSH.